|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Предсказания структур белков по аналогии. III. Оптимизация комбинации матриц замен и псевдо-потенциалов, используемых при выравнивании первичных структур белков с пространственнымистатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКСтатья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 1 декабря 2021 г.
- Авторы: Лобанов М.Ю., Финкельштейн А.В.
- Журнал: Молекулярная биология
- Том: 44
- Номер: 1
- Год издания: 2010
- Первая страница: 120
- Последняя страница: 129
- Аннотация: Описан общий и быстрый метод максимизации “опознающей силы” линейной комбинации произвольного числа различных методов, предназначенных для распознавания белковых структур и выравнивания аминокислотных последовательностей с пространственными структурами аналогичных по строению белков. Показано, что при низком сходстве аминокислотных последовательностей оптимизированная комбинация методов обладает существенно более высокой “опознающей силой”, чем каждый из входящих в нее методов; при этом ведущую роль в этой комбинации играют: 1) псевдо-потенциалы дальних по цепи взаимодействий; 2) матрицы сходства вторичных структур и 3) матрицы аминокислотных замен. При высокой же степени сходства аминокислотных последовательностей ведущую и почти единственную роль в оптимальной комбинации играют матрицы аминокислотных замен, хотя добавление к ним псевдо-потенциалов дальних взаимодействий и матриц сходства вторичных структур несколько повышает “опознающую силу” комбинированного метода. Ключевые слова: аминокислотная последовательность, пространственная структура, белoк, ложные цели, матрица замен, псевдо-потенциалы, комбинация методов, выравнивание.
- Добавил в систему: Финкельштейн Алексей Витальевич