Аннотация:В статье рассматривается подход к эффективному использованию графических ускорителей для решения задачи пространственного анализа белков на примере группы алгоритмов выравнивания. Статья состоит из описания архитектурных особенностей современных графических ускорителей, описания общей схемыработы рассматриваемой группы алгоритмов и обсуждения предложенного способа использования GPU. С целью оценки эффективности предлагаемого метода приводятся результаты экспериментального исследованияреализация части алгоритма (выравнивание пар коротких фрагментов по методу Кабша).Исследование показало, что предложенный метод позволяет добиться значительного ускорения по сравнению с реализацией на CPU.