|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Efficient GPU Implementation of AFP-Based Algorithmsto Accelerate Comparative Bioinformatic Analysisof Protein Structures in 3D-Spaceстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКСтатья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
- Авторы: Timokhin I.A., Popova N.N., Suplatov D.A.
- Журнал: Lobachevskii Journal of Mathematics
- Том: 43
- Номер: 4
- Год издания: 2022
- Издательство: Kazanskii Gosudarstvennyi Universitet/Kazan State University
- Местоположение издательства: Russian Federation
- Первая страница: 904
- Последняя страница: 915
- DOI: 10.1134/S1995080222070241
- Аннотация: В статье рассматривается подход к эффективному использованию графических ускорителей для решения задачи пространственного анализа белков на примере группы алгоритмов выравнивания. Статья состоит из описания архитектурных особенностей современных графических ускорителей, описания общей схемыработы рассматриваемой группы алгоритмов и обсуждения предложенного способа использования GPU. С целью оценки эффективности предлагаемого метода приводятся результаты экспериментального исследованияреализация части алгоритма (выравнивание пар коротких фрагментов по методу Кабша).Исследование показало, что предложенный метод позволяет добиться значительного ускорения по сравнению с реализацией на CPU.
- Добавил в систему: Попова Нина Николаевна