|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
JetGene – интернет-ресурс для анализа регуляторных областей или нуклеотидных контекстов у дифференциально транслируемых транскриптов растенийстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК- Авторы: Садовская Н.С., Мустафаев О.Н., Тюрин А.А., Дейнеко И.В., Голденкова-Павлова И.В.
- Журнал: Физиология растений
- Том: 68
- Номер: 4
- Год издания: 2021
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 371
- Последняя страница: 379
- DOI: 10.31857/s001533032104014x
- Аннотация: Различные регуляторные коды, содержащиеся в мРНК, могут определять судьбу любого транскрипта в процессе трансляции. Для поиска подобных регуляторных кодов и изучения их влияния на эффективность трансляции, мы разработали интернет-ресурс JetGene (https://jetgene.bioset.org/). Он содержит CDS, cDNA, 5'-UTR, 3'-UTR последовательности из шести основных групп живых организмов, включая растения. Данный интернет-ресурс имеет дружественный интерфейс, соединяет воедино широкий набор опций, предназначенный для сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей и позволяет (1) оценить вариации длины, нуклеотидного состава, частоты использования кодонов, проанализировать GC-состав, CpG-острова, окружение стартового кодона и др.; (2) выявить и определить статистически значимую представленность потенциальных регуляторных контекстов в мРНК с разной эффективностью трансляции. Пользователь может сделать разносторонний in silico анализ полноразмерных или усеченных транскриптов, а также их кодирующих/некодирующих областей. Каждый этап анализа сопровождается графической интерпретацией результатов.
- Добавил в систему: Садовская Наталия Сергеевна