Аннотация:Будучи приспособленными к суровым эколого-географическим условиям, аборигенные породы лошадей обладают высоким адаптационным потенциалом. В настоящее время многие из них находятся на грани исчезновения. Был проведен анализ по 17 микросателлитным локусам для выявления генетической структуры и филогенетических отношений 12 популяций аборигенных лошадей, двух тяжеловозных пород, русской верховой породы лошадей и одичавших лошадей острова Водный, построены филогенетические деревья и тепловые карты. Показано, что местные породы лошадей в своем историческом развитии довольно далеко отошли как по внешним признакам, так и по генетической структуре от заводских пород, и имеют свой собственный консолидированный генофонд.