Аннотация:Реконструкция филогении белков обычно проводится по множественному выравниванию их аминокислотных последовательностей. Одной из проблем является наличие в таких выравниваниях участков различной консервативности, в том числе таких, где качество выравнивания сомнительно. Для решения этой проблемы часто применяется фильтрация колонок выравнивания, для чего разработано специальное программное обеспечение. В данной работе исследованы различные подходы к реконструкции филогении на примере белков с двумя эволюционными доменами. Последовательности таких белков заведомо неоднородны по консервативности благодаря наличию как эволюционных доменов, так и линкеров между доменами, а также N- и C-концевых частей. Показано, что фильтрация колонок выравнивания в среднем улучшает качество реконструкции только прииспользовании полноразмерных последовательностей и только при работе с эукариотическими белками. Показано также, что ограничение выравнивания на эволюционные домены с отбрасыванием менее консервативных линкеров и концевых последовательностей в среднем ухудшает качество филогенетической реконструкции.