Большие тандемные повторы сирийского хомячка MESOCRICETUS AURATUS IN SILICO И IN SITUстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Информация о цитировании статьи получена из
Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 21 августа 2017 г.
Аннотация:Тандемно-повторяющиеся последовательности представляют собой уникальный для эукариот класс ДНК и составляют до нескольких десятков процентов от генома у высших эукариот. Классические методы поиска тандемных повторов, несмотря на более чем полувековую историю исследований, не смогли выявить полный набор тандемных повторов ни для одного позвоночного животного. Ранее была показана возможность поиска тандемных повторов в хорошо собранном геноме домовой мыши с помощью методов биоинформатики. В настоящей работе предпринята попытка поиска тандемных повторов в относительно плохо собранном геноме сирийского хомячка. In silico найдено 19 семейств больших тандемных повторов в геноме этого вида, причем только 1 семейство было ранее клонировано и идентифицировано как тандемный повтор. Для 4 семейств, предсказанных in silico тандемных повторов, с помощью гибридизации in situ показана локализация в области первичной перетяжки хромосом.