|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Анализ данных высокопроизводительного секвенирования базы Gene Expression Omnibus для идентификации микрорибонуклеиновых кислот в плазме крови пациентов с глиобластомойстатья Исследовательская статья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК- Авторы: Пушкин А.А., Гвалдин Д.Ю., Тимошкина Н.Н., Росторгуев Э.Е., Владимирова Л.Ю., Дженкова Е.А.
- Журнал: Исследования и практика в медицине
- Том: 9
- Номер: 1
- Год издания: 2022
- Первая страница: 54
- Последняя страница: 64
- DOI: 10.17709/2410-1893-2022-9-1-5
- Аннотация: Цель исследования. Данная работа посвящена исследованию паттернов экспрессии микроРНК в плазме крови пациентов с глиобластомой (ГБ) c использованием данных высокопроизводительного секвенирования базы Gene Expression Omnibus и поиску кандидатных микроРНК-молекул для разработки малоинвазивной диагностической панели.Материалы и методы. На основании открытого набора данных Gene Expression Omnibus NCBI GSE150956 были сформированы группы образцов пациентов с диагнозом глиобластома и условно-здоровых доноров. Для каждого образца была извлечена информация об уровнях экспрессии микроРНК. Определение наиболее значимых микроРНК выполнено с использованием алгоритмов машинного обучения и программной среды R 4.0.4. Для значимых микроРНК были определены гены-мишени, выполнен анализ обогащения по функциональной принадлежности и интерактомный анализ генов-мишеней микроРНК.Результаты. В исследовании проанализированы данные 131 образца, из них 35 образцов пациентов с глиобластомой, а 96 образцов получено от условно-здоровой группы добровольцев. Данные о дифференциальной экспрессии были получены для 945 микроРНК. Методами машинного обучения сформированы две панели, содержащие общие микроРНК – hsa-miR 3180, hsa-miR 3180-3p, hsa-miR 6782-5p, hsa-miR 182-5p, hsa-miR 133b и hsa-miR 670-3p. Для значимых микроРНК получена информация об экспериментально подтверждённых генах-мишенях, генная онтология которых демонстрирует их участие в связывании ферментов, расположение в ядерной оболочке, участие в регуляции первичных клеточных метаболических процессов, развитии глиобластом и опухолевых заболеваний в целом.Заключение. В результате послойной фильтрации данных и применения алгоритмов машинного обучения были выявлены значимые микроРНК, которые являются кандидатами для разработки диагностической панели малоинвазивного выявления глиальных опухолей высокой степени злокачественности.
- Добавил в систему: Дженкова Елена Алексеевна