|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Поиск и клонирование новых полиаминоксидаз из Ogataea parapolymorpha DL-1 в сборнике ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ 13-ой Международной научной конференции БИОКАТАЛИЗ. место издания ООО "АДМИРАЛ ПРИНТ" Москва, тезисытезисы доклада Тезисы
- Авторы: Сергеев Е.П., Головина Д.И., Атрошенко Д.Л.
- Сборник: ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ 13-ой Международной научной конференции «БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ» (БИОКАТАЛИЗ - 2023), г. Суздаль, Россия | Июнь, 25-29 2023
- Тезисы
- Год издания: 2023
- Место издания: ООО «АДМИРАЛ ПРИНТ» Москва, Россия
- Первая страница: 212
- Последняя страница: 212
- Аннотация: FAD-зависимые оксидоредуктазы делятся на 6 классов: оксидазы ванилиловых спиртов, сульфгидрилокси- дазы, ацетил-КоА оксидазы, оксидазы аминов, оксидазы 2-гидроксикислот и глюкоз-метанол-холиноксидазы. Среди половины из этих классов есть ферменты, нашедшие активное применение в биотехнологии. Так, глюко- зоксидаза и лактатоксидаза используются для анализа глюкозы и лактата в крови и других биологических жид- костях. Аминоксидазы используют в сенсорах на биогенные амины, которые могут свидетельствовать о порче пищевых продуктов или раковых заболеваниях. В частности, повышение концентрации спермидина в моче и плазме крови коррелирует с наличием рака печени.Таким образом, поиск новых полиаминоксидаз является перспективным направлением. Недавние работы по исследованию оксидаз D-аминокислот из дрожжей Ogataea parapolymorpha DL-1 показали, что сходные по своей ферментативной активности ферменты даже из 1 организма могут обладать весьма низкой гомологией. Но их структуры, полученные при помощи программы AlphaFold, крайне похожи друг на друга. Также недавно был представлен сервис FoldSeek, позволяющий проводить поиск на основании структуры, а не аминокислот- ной последовательности. Это открывает возможности для поиска ферментов и предварительного анализа их потенциальных субстратов.В ходе работы был произведен биоинформатический анализ генома Ogataea parapolymorpha DL-1. В его процессе были отобраны все гены, кодирующие FAD-зависимые ферменты. Из них были отобраны все гены, которые аннотировались в Pfam как члены суперсемейств FAD-зависимых оксидаз. Для последующего анализа структуры соответствующих белков брали из базы данных AlphaFold Protein Structure Database. При помощи FoldSeek среди баз данных PDB и AlphaFold/Swiss-Prot v4 проводили поиск похожих структур. Было найдено 3 гена, потенциально кодирующих полиаминоксидазы. Они были клонированы в плазмиду pET28a. Провели экспрессию соответствующих ферментов в клетках Escherichia coli. Одна из полиаминоксидаз проявила актив- ность со спермином, что подтверждает предсказание ферментативной активности.
- Добавил в систему: Сергеев Егор Павлович