Assessment of dynamic disorder in DNA oligonucleotides using low-frequency Raman spectroscopyстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 10 июля 2024 г.
Аннотация:Степень компактизации ДНК в различных областях клеточного ядра определяет, должны ли в них экспрессироваться гены и протекать другие важнейшие клеточные процессы, на пример репликация и репарация ДНК. В связи с этим весьма актуально развитие подходов к экспериментальной оценке компактности ДНК в ядрах клеток, а также её индикатора ди намического беспорядка степени тепловой флуктуации положения и взаимной ориентации молекулярных фрагментов. В настоящей работе на примере одноцепочечных олигонуклеоти дов гуанина и цитозина, а также их двуцепочечной комбинации показано, что динамический беспорядок в ДНК может быть оценен на основе данных низкочастотной спектроскопии ком бинационного рассеяния (КР). Впервые измерены спектры КР олигонуклеотидов в широком диапазоне, включающем низкочастотную (10–200 см−1) и высокочастотную (200–2000 см−1) области. Обнаружено, что низкочастотная интенсивность КР максимальна в одноцепочечном олигоцитозине и минимальна в двуцепочечном олигонуклеотиде, в полном согласии с вели чинами динамического беспорядка, оцененными из расчётов методом молекулярной динами ки. Полученные результаты свидетельствуют о перспективности применения низкочастотной спектроскопии КР для оценки динамического беспорядка и компактности ДНК. Ожидается, что использование такой техники должно способствовать пониманию ключевых клеточных процессов и обусловливающих их физических механизмов, которое необходимо для развития передовых методов молекулярной биофизики и клеточной биологии.