On the utility of ultrafast MS1‑only proteomics in drug target discovery studies based on thermal proteome profiling methodстатья
Статья опубликована в высокорейтинговом журнале
Информация о цитировании статьи получена из
Scopus
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 24 июля 2024 г.
Авторы:
Fedorov Ivan I.,
Bubis Julia A.,
Kazakova Elizaveta M.,
Lobas Anna A.,
Ivanov Mark V.,
Emekeeva Daria D.,
Tarasova Irina A.,
Nazarov Alexey A.,
Gorshkov Mikhail V.
Аннотация:Достижения в области высокопроизводительной масс-спектрометрии с высоким разрешением и разработка метода термического профилирования протеома (TPP) позволили ускорить поиск лекарственных мишеней. С момента своего появления в 2014 году TPP быстро стал методом выбора в химической протеомике для выявления взаимодействий между лекарственными средствами и белками в масштабе всего протеома и картирования путей этих взаимодействий, что позволяет дополнительно прояснить неизвестные механизмы действия изучаемого лекарственного средства. Однако современные реализации TPP, основанные на тандемной масс-спектрометрии (MS/МС), связанные с использованием длительных протоколов разделения пептидов и дорогостоящих методов маркировки для мультиплексирования образцов, ограничивают масштабирование этого подхода для постоянно растущего разнообразия лекарственных препаратов и протеомов. За последние пару лет было разработано множество методов сверхбыстрой протеомики. Среди них DirectMS1 обеспечивает количественный протеомный анализ без использования MS/MSS2 за 5 минут, что открывает путь для приложений, требующих большого количества образцов, таких как TPP. В этой работе мы демонстрируем первую реализацию подхода TPP с использованием сверхбыстрого протеомного анализа на основе DirectMS1. С использованием лекарственного средства топотекана, который является известным ингибитором топоизомеразы I (TOP1), была продемонстрирована осуществимость метода идентификации лекарственных мишеней на уровне всего протеома для клеточной линии рака яичников.