Квази-докинг с различными силовыми полями и методами квантовой химии

Сулимов, А.В.; Кутов, Д.К.; Каткова, Е.В.; Сулимов, В.Б.

Авторы: Сулимов А.В., Кутов Д.К., Каткова Е.В., Сулимов В.Б.
Сборник: XXIV Российский национальный конгресс "Человек и Лекарство", Сборник материалов Конгресса, Тезисы докладов
Тезисы
Год издания: 2017
Место издания: ООО "Видокс" Москва
Первая страница: 108
Последняя страница: 108
Аннотация: Цель: сравнить точность докинга с разными силовыми полями и методами квантовой хи-мии друг с другом. Материалы и методы: разработан новый метод – квази-докинг, используемый нами для оценки применимости силовых полей и методов квантовой химии при позиционировании лиганда в активный центр белка-мишени из заранее найденного спектра низкоэнергетиче-ских минимумов. Энергия каждой конфигурации комплекса белок-лиганд вычисляется с помощью силового поля или метода квантовой химии без использования подгоночных пара-метров. Такой докинг требует гораздо больше вычислительных ресурсов, чем обычный до-кинг, когда используется заранее рассчитанная сетка потенциалов взаимодействия пробных атомов лиганда с белком-мишенью, однако позволяет проводить докинг с учетом раствори-теля в одной из континуальных моделей, а также учитывать не только гибкость лиганда, но и подвижность атомов белка. Квази-докинг заключается в следующем: сначала проводится докинг с одним заданным силовым полем, и при этом сохраняется несколько тысяч низкоэнергетических минимумов, затем энергии всех этих минимумов пересчитываются в рамках другого силового поля или метода квантовой химии. Результаты: проведен докинг с помощью программы FLM, выполняющей массированный поиск низкоэнергетических минимумов энергии комплекса белок-лиганд в силовом поле MMFF94 с учетом растворителя в модели PCM. Осуществлен пересчет энергий минимумов с различными силовыми полями и методами квантовой химии с учетом растворителя, в том числе Charmm, Amber и PM7. Для 16 тестовых комплексов проведено сравнение точности позиционирования и выполнимости парадигмы докинга, которая предполагает нахождение закристаллизованного в белке положения лиганда вблизи глобального минимума энергии комплекса белок-лиганд. Для каждого комплекса сохранялось по 8192 минимума. Выводы: показаны различия при докинге методами квантовой химии и разными силовыми полями. Работа поддержана грантом РНФ № 15-11-00025.
Добавил в систему: Сулимов Владимир Борисович

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИСТИНА ИНХС РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИСТИНА ИНХС РАН

Квази-докинг с различными силовыми полями и методами квантовой химиитезисы доклада

Прикрепленные файлы