Квази-докинг с различными силовыми полями и методами квантовой химиитезисы доклада

Работа с тезисами доклада

Прикрепленные файлы


Имя Описание Имя файла Размер Добавлен
1. Краткий текст abstract_published.pdf 335,7 КБ 6 сентября 2017 [vladimir.sulimov]

[1] Квази-докинг с различными силовыми полями и методами квантовой химии / А. В. Сулимов, Д. К. Кутов, Е. В. Каткова, В. Б. Сулимов // XXIV Российский национальный конгресс Человек и Лекарство, Сборник материалов Конгресса, Тезисы докладов. — ООО Видокс Москва, 2017. — С. 108–108. Цель: сравнить точность докинга с разными силовыми полями и методами квантовой хи-мии друг с другом. Материалы и методы: разработан новый метод – квази-докинг, используемый нами для оценки применимости силовых полей и методов квантовой химии при позиционировании лиганда в активный центр белка-мишени из заранее найденного спектра низкоэнергетиче-ских минимумов. Энергия каждой конфигурации комплекса белок-лиганд вычисляется с помощью силового поля или метода квантовой химии без использования подгоночных пара-метров. Такой докинг требует гораздо больше вычислительных ресурсов, чем обычный до-кинг, когда используется заранее рассчитанная сетка потенциалов взаимодействия пробных атомов лиганда с белком-мишенью, однако позволяет проводить докинг с учетом раствори-теля в одной из континуальных моделей, а также учитывать не только гибкость лиганда, но и подвижность атомов белка. Квази-докинг заключается в следующем: сначала проводится докинг с одним заданным силовым полем, и при этом сохраняется несколько тысяч низкоэнергетических минимумов, затем энергии всех этих минимумов пересчитываются в рамках другого силового поля или метода квантовой химии. Результаты: проведен докинг с помощью программы FLM, выполняющей массированный поиск низкоэнергетических минимумов энергии комплекса белок-лиганд в силовом поле MMFF94 с учетом растворителя в модели PCM. Осуществлен пересчет энергий минимумов с различными силовыми полями и методами квантовой химии с учетом растворителя, в том числе Charmm, Amber и PM7. Для 16 тестовых комплексов проведено сравнение точности позиционирования и выполнимости парадигмы докинга, которая предполагает нахождение закристаллизованного в белке положения лиганда вблизи глобального минимума энергии комплекса белок-лиганд. Для каждого комплекса сохранялось по 8192 минимума. Выводы: показаны различия при докинге методами квантовой химии и разными силовыми полями. Работа поддержана грантом РНФ № 15-11-00025.

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть