An Approach to Accelerate Bioinformatics Algorithms for Proteins3D Structure Alignment Using Graphics Processing Units

Timokhin, I.A.; Popova, N.N.

Авторы: Timokhin I.A., Popova N.N.
Журнал: Lobachevskii Journal of Mathematics
Том: 46
Номер: 8
Год издания: 2026
Издательство: Kazanskii Gosudarstvennyi Universitet/Kazan State University
Местоположение издательства: Russian Federation
Первая страница: 3871
Последняя страница: 3882
DOI: 10.1134/S1995080225610355
Аннотация: В статье обсуждается подход к использованию графических процессоров (GPU) для ускорения вычислений в приложениях биоинформатики. Исследование основано на хорошо известном алгоритме MATT, используемом в структурной биоинформатике для выполнения множественного структурного выравнивания белков. Предложен метод, позволяющий перенести вычисления на графический процессор для одной из фаз этого алгоритма — а именно, фазы выбора пар структурных фрагментов для последующего сравнения. Этот метод ранее продемонстрировал свою эффективность в этой задаче при применении к фазе сравнения. Он основан на использовании конвейерной обработки вычислений при передаче вычислений на графический процессор. Экспериментальноеисследование реализованного подхода было проведено с использованием суперсемейства белков из базы данных CATH. Практическая реализация была выполнена на суперкомпьютерном узле «Ломоносов-2»Московского государственного университета. Результаты продемонстрировали ускорение вычислений как для рассматриваемой фазы вычислений, так и для алгоритма MATT с использованием модифицированной фазы.
Добавил в систему: Попова Нина Николаевна

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИСТИНА ИНХС РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИСТИНА ИНХС РАН

An Approach to Accelerate Bioinformatics Algorithms for Proteins3D Structure Alignment Using Graphics Processing Unitsстатья

Прикрепленные файлы