ПОИСК ПОДХОДОВ К УЛУЧШЕНИЮ ТОЧНОСТИ РАСЧЕТОВ ЭНЕРГИИ СВЯЗЫВАНИЯ БЕЛОК-ЛИГАНД С ПОМОЩЬЮ ДОКИНГАстатья

Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science

Информация о цитировании статьи получена из Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 3 февраля 2019 г.

Работа с статьей

Прикрепленные файлы


Имя Описание Имя файла Размер Добавлен
1. Иллюстрация graph_ref.tif 3,1 МБ 31 октября 2017 [DanilKutov]

[1] ПОИСК ПОДХОДОВ К УЛУЧШЕНИЮ ТОЧНОСТИ РАСЧЕТОВ ЭНЕРГИИ СВЯЗЫВАНИЯ БЕЛОК-ЛИГАНД С ПОМОЩЬЮ ДОКИНГА / А. В. СУЛИМОВ, Д. К. КУТОВ, Е. В. КАТКОВА и др. // Известия Академии наук. Серия химическая. — 2017. — № 10. — С. 1913–1924. Рассмотрены причины, ограничивающие точность вычисления энергии связывания белок-лиганд с помощью программ молекулярного докинга (от англ. docking - стыковка): ограниченные возможности алгоритмов поиска глобального минимума на сложной многомерной энергетической поверхности белок-лиганд, ограничение степеней свободы системы белок-лиганд, в том числе для случая жесткого белка, неадекватность существующих силовых полей, отсутствие учета или слишком грубый учет растворителя в процессе докинга, отсутствие в процессе докинга локальной оптимизации энергии, неточность построения моделей белка-мишени и лиганда, упрощение метода расчета свободной энергии Гиббса молекулярной системы, ограниченные вычислительные ресурсы на докинг одного лиганда. Предложен новый подход к разработке программ докинга нового поколения, позволяющий поэтапно снять существующие упрощения и существенно повысить точность всего процесса докинга, в том числе и точность расчета энергии связывания белок-лиганд. Представлены результаты исследований, показывающие реализуемость решения поставленной задачи. [ DOI ]

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть