|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Анализ cтруктуры белков по данным малоуглового рассеяния с помощью программного пакета ATSASтезисы доклада
- Авторы: Петухов М.В., Franke D., Конарев П.В., Panjkovich A., Tuukkanen A., Mertens H.D.T, Кихней А.Г., Hajizadeh N.R., Jeffries C.M., Свергун Д.И.
- Сборник: НАУЧНЫЕ ТРУДЫ ОБЪЕДИНЁННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ МЕЖДУНАРОДНАЯ НАУЧНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ПО БИООРГАНИЧЕСКОЙ ХИМИИ «XII ЧТЕНИЯ ПАМЯТИ АКАДЕМИКА ЮРИЯ АНАТОЛЬЕВИЧА ОВЧИННИКОВА» VIII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
- Серия: Acta Naturae, Спецвыпуск 2017
- Том: 9
- Тезисы
- Год издания: 2017
- Место издания: Парк-медиа Москва
- Первая страница: 107
- Последняя страница: 108
- Аннотация: Малоугловое рентгеновское рассеяние (МУРР) – структурный метод низкого (1–2 нм) разрешения, позволяющий изучать разупорядоченные и слабоупорядоченные нанообъекты в широком диапазоне размеров и молекулярных весов. Метод активно используется в физике, материаловедении, а также для изучения строения биологических макромолекул в растворе [1]. В последнее время метод эффективно развивался благодаря прогрессу в оснащении исследовательских станций, а также появлению новых методов компьютерного моделирования [2]. При отсутствии априорной информации о структуре, МУРР позволяет определить исключительно по кривой рассеяния максимальный размер частицы, ее радиус инерции, исключенный объем, а также молекулярный вес. Кроме того, возможно ab initio определение формы частиц, например с помощью подхода конечных объемных элементов. При наличии структур высокого разрешения, полученных другими методами, например из рентгеновской кристаллографии или ЯМР, МУРР применяется для выявления возможных отличий кристалл-раствор, опре-деления олигомерного состояния, проведения анализа конформаций гибких макромолекул. Комплексный программный па-кет ATSAS для обработки и интерпретации данных малоуглового рассеяния, полученных от разбавленных растворов частиц, уделяет особое внимание структурному анализу белков и их комплексов. Он содержит приложения для первичной обработ-ки и оценки данных, моделирования формы ab initio, проверки и скрининга моделей, а также программы для моделирования методом молекулярной тектоники, для характеристики гибких макромолекул и количественного анализа равновесных сме-сей. Программный пакет использует сложные статистические методы и методы оптимизации (такие как simulated annealing, генетический алгоритм, конформационный анализ с помощью нормальных колебаний). ATSAS находится в свободном до-ступе для академических пользователей по URL-адресу: https://www.embl-hamburg.de/biosaxs/software.html. Литература 1. Svergun DI, Koch MH, Timmins PA, May RP (2013) Small Angle X-ray and Neutron Scattering from Solutions of Biological Macromolecules. Oxford University Press, London. 2. Petoukhov MV, Franke D, Shkumatov AV, Tria G, Kikhney AG, Gajda M, Gorba C, Mertens HDT, Konarev PV, Svergun DI (2012) J Appl Cryst 45: 342-350.
- Добавил в систему: Петухов Максим Владимирович