|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Специфичное к последовательности расщепление ДНК ультразвуком: оценка влияния первичной структуры фрагментатезисы доклада
- Авторы: Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л., Ильичева И.А.
- Сборник: Обозрение прикладной т промышленной математики Т. 24, вып. 1, стр. 77-79
- Серия: вып. 1
- Том: 24
- Тезисы
- Год издания: 2017
- Место издания: ISSN 0869-8325
- Первая страница: 77
- Последняя страница: 79
- Аннотация: Биологическое функционирование ДНК определяется ее первичной структурой и локальными структурно-динамическими свойствами двойной спирали. В наших работах [1 - 4] был предложен и развит новый метод исследования ДНК, основанный на специфическом расщеплении сахарофосфатного остова ДНК под действием ультразвука. Мы получили оценки относительных частот расщепления центральной связи в каждом из 16 динуклеотидов NN, где N=A, C, G, T; а также в каждом из 256 тетрануклеотидов. Показано, что частота разрывов межнуклеотидных связей зависит от типа нуклеотидов, а также от их ближайших соседей, и относительные интенсивности ультразвукового расщепления симбатны частотам С2’-эндо↔С3’-эндо переходов цикла дезоксирибозы в разных типах нуклеотидов. В данной работе исследовано влияние на относительную частоту расщепления не только типа динуклеотида (фактор A), но и какой вклад в общую изменчивость относительной частоты расщепления вносит нуклеотидная последовательность анализируемого фрагмента ДНК (фактор B). Для решения этой задачи мы использовали двухфакторный план с группировкой для смешанной модели дисперсионного анализа. Для каждого типа динуклеотида (постоянный фактор A с I уровнями) случайно выбирали «свои» J фрагментов ДНК (случайный фактор B с J уровнями). У каждого из J фрагментов для типа динуклеотида NN определяли значения частоты расщепления этого динуклеотида NN. В этом случае каждый уровень фактора B сочетается не более, чем с одним уровнем фактора A, и фактор B называется сгруппированным фактором A, B(A). Такой план позволяет оценить и вклад случайного фактора B(A) в общую изменчивость относительной частоты расщепления.
- Добавил в систему: Панченко Лариса Андреевна