ИСТИНА

Garbuzynskiy SO

Соавторы: Галзитская О.В., Финкельштейн А.В., Lobanov M.Y., Bogatyreva N., Ivankov D.N., Иванов Д.Н., Лобанов М.Ю., Мельник Б.С., Dovidchenko N., Бадретдинов А.Я., Badretdin A.J., Badretdin A.J., Fong J. показать полностью..., Fong J.H., Glyakina A.V., Gorokhov V.V., Kjeldsen F., Korepanova E.A., Matkarimov B.T., Nielsen M.2., Plaxco K.W., Reifsnyder D.C., Savitski M.2., Shoemaker B., Shoemaker C.F., Surin A.K., Uzdenski A., Zubarev R.2., Антал Т.К., Бинги В.Н., Бочкарева С.С., Булычев А.А., Ванин А.Ф., Вершубский А.В., Волгушева А.А., Глякина А.В., Давлетшина Л.Н., Дьяконова А.Н., Ефремов Р.Г., Коваленко И.Б., Красильников П.М., Кренделева Т.Е., Кузнецов М.Б., Кукарских Г.П., Кутузов Н.П., Ловягина Е.Р., Максимов Г.В., Маторин Д.Н., Немченко О.Ю., Нечипуренко Ю.Д., Нокс П.П., Плюснина Т.Ю., Полежаев А.А., Ризниченко Г.Ю., Сёмин Б.К., Хрущев С.С.

54 статьи, 1 книга

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 1418, Scopus: 1313

IstinaResearcherID (IRID): 27229801

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2022 Calculation of Crystal-Solution Dissociation Constants
    • Garbuzynskiy Sergiy O., Finkelstein Alexei V.
    • в журнале Biomolecules, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 12, № 2, с. 147 DOI
  • • 2022 How Can Ice Emerge at 0 °C?
    • Finkelstein Alexei V., Garbuzynskiy Sergiy O., Melnik Bogdan S.
    • в журнале Biomolecules, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 12, № 7, с. 981 DOI
  • • 2022 Protein folding problem: enigma, paradox, solution
    • Finkelstein Alexei V., Bogatyreva Natalya S., Ivankov Dmitry N., Garbuzynskiy Sergiy O.
    • в журнале Biophysical Reviews, издательство Springer Verlag (Germany), том 14, № 6, с. 1255-1272 DOI
  • 
    • 2018 A new, fast method to estimate sublimation entropy and dissociation constants from molecular crystal data
    • Garbuzynskiy S., Finkelstein A.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), № 8, с. 452-452
  • 
    • 2018 Correction to Sublimation entropy and dissociation constants prediction by quantitative evaluation of molecular mobility in crystals
    • Garbuzynskiy S.O., Finkelstein A.V.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry Letters, издательство American Chemical Society (United States), № 8, с. 6883-6883 DOI
  • 
    • 2018 Evaluation of the Accuracy of Calculation of the Standard Binding Entropy of Molecules from their Average Mobility in Molecular Crystals
    • Garbuzynskiy S.O., Finkelstein A.V.
    • в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 52, № 1, с. 108-117 DOI
  • 
    • 2018 ОЦЕНКА ТОЧНОСТИ РАСЧЕТА СТАНДАРТНОЙ ЭНТРОПИИ СВЯЗЫВАНИЯ МОЛЕКУЛ ПО ИХ СРЕДНЕЙ ПОДВИЖНОСТИ В МОЛЕКУЛЯРНЫХ КРИСТАЛЛАХ, "Молекулярная биология"
    • Финкельштейн А.В., Гарбузинский С.А.
    • в журнале Молекулярная биология, № 1, с. 125-135 DOI
  • 
    • 2017 Sublimation Entropy and Dissociation Constants Prediction by Quantitative Evaluation of Molecular Mobility in Crystals
    • Garbuzynskiy Sergiy O., Finkelstein Alexei V.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry Letters, издательство American Chemical Society (United States), том 8, № 13, с. 2758-2763 DOI
  • 
    • 2017 There and back again: Two views on the protein folding puzzle
    • Finkelstein A.V., Badretdin A.J., Galzitskaya O.V., Ivankov D.N., Bogatyreva N.S., Garbuzynskiy S.O.
    • в журнале Physics of Life Reviews, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 21, с. 56-71 DOI
  • • 2016 Calculation of mobility and entropy of the binding of molecules by crystals
    • Garbuzynskiy SO, Finkelstein AV
    • в журнале Молекулярная биология, том 50, № 3, с. 520-529 DOI
  • 
    • 2016 Calculation of mobility and entropy of the binding of molecules by crystals
    • Finkelstein A.V., Garbuzynskiy S.O.
    • в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 50, № 3, с. 452-461 DOI
  • 
    • 2016 Solution of Levinthal’s paradox is possible at the level of the formation and assembly of protein secondary structures
    • Finkelstein A.V., Garbuzynskiy S.O.
    • в журнале Biophysics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 61, № 1, с. 1-5 DOI
  • 
    • 2016 Расчет подвижности и энтропии связывания молекул в кристаллах
    • Гарбузинский С.А., Финкельштейн А.В.
    • в журнале Молекулярная биология, том 50, № 3, с. 520-529
  • • 2016 Решение парадокса Левинталя возможно на уровне формирования и упаковки вторичных структур белков
    • Финкельштейн А.В., Гарбузинский С.А.
    • в журнале Биофизика, издательство Наука (М.), том 61, с. 5-10
  • 
    • 2015 Reduction of the Search Space for the Folding of Proteins at the Level of Formation and Assembly of Secondary Structures: A New View on the Solution of Levinthal's Paradox
    • Finkelstein AV, Garbuzynskiy SO
    • в журнале Chemphyschem: a European journal of chemical physics and physical chemistry, издательство John Wiley & Sons Ltd. (United Kingdom), том 16, № 16, с. 3375-3378 DOI
  • • 2015 Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля
    • Гарбузинский С.А., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В.
    • в журнале Математическая биология и биоинформатика, том 10, № 2, с. 580-592 DOI
  • • 2015 Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к молекулярно-динамическим расчетам
    • Балабаев Н.К., Гарбузинский С.А., Галзитская О.В., Глякина А.В., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В.
    • в журнале Математическая биология и биоинформатика, том 10, № 2, с. 427-435 DOI
  • 
    • 2013 Golden triangle for folding rates of globular proteins
    • Garbuzynskiy SO, Ivankov DN, Bogatyreva NS, Finkelstein AV
    • в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, издательство National Academy of Sciences (United States), том 110, № 1, с. 147-150 DOI
  • 
    • 2013 Levinthal's question answered … again?
    • Finkelstein AV, Garbuzynskiy SO
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 31, № 9, с. 1013-1015 DOI
  • 
    • 2013 Restrictions to protein folding determined by the protein size
    • Finkelstein AV, Bogatyreva NS, Garbuzynskiy SO
    • в журнале FEBS Letters, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 587, № 13, с. 1884-1890 DOI
  • 
    • 2010 Statistical analysis of unstructured amino acid residues in protein structures
    • Lobanov M.Yu, Garbuzynskiy S.O., Galzitskaya O.V.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 75, № 2, с. 192-200 DOI
  • 
    • 2009 ComSin: database of protein structures in bound (complex) and unbound (single) states in relation to their intrinsic disorder
    • Lobanov Michail Yu, Shoemaker Benjamin A., Garbuzynskiy Sergiy O., Fong Jessica H., Panchenko Anna R., Galzitskaya Oxana V.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 38, № suppl_1, с. D283-D287 DOI
  • 
    • 2009 FoldAmyloid: a method of prediction of amyloidogenic regions from protein sequence
    • Garbuzynskiy S.O., Lobanov M.Yu, Galzitskaya O.V.
    • в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 26, № 3, с. 326-332 DOI
  • • 2009 Intrinsic disorder in proteins and their complexes: a large-scale view
    • Fong J., Shoemaker B., Garbuzynskiy S.O., Lobanov M.Yu, Galzitskaya O.V., Panchenko A.
    • в журнале PLoS Computational Biology, издательство Public Library of Science (United States), том 5, № 3
  • 
    • 2009 Prediction of amino acid residues protected from hydrogen-deuterium exchange in a protein chain
    • Dovidchenko N.V., Lobanov M.Yu, Garbuzynskiy S.O., Galzitskaya O.V.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 74, № 8, с. 888-897 DOI
  • 
    • 2008 To be folded or to be unfolded?
    • Garbuzynskiy Sergiy O., Lobanov Michail Yu, Galzitskaya Oxana V.
    • в журнале Protein Science, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States), том 13, № 11, с. 2871-2877 DOI
  • 
    • 2007 Backbone Carbonyl Group Basicities Are Related to Gas-Phase Fragmentation of Peptides and Protein Folding
    • Savitski Mikhail\hspace0 25emM, Kjeldsen Frank, Nielsen Michael\hspace0 25emL, Garbuzynskiy Sergiy\hspace0 25emO, Galzitskaya Oxana\hspace0 25emV, Surin Alexey\hspace0 25emK, Zubarev Roman\hspace0 25emA
    • в журнале Angewandte Chemie - International Edition, издательство John Wiley & Sons Ltd. (United Kingdom), том 46, № 9, с. 1481-1484 DOI
  • 
    • 2007 Different packing of external residues can explain differences in the thermostability of proteins from thermophilic and mesophilic organisms
    • Glyakina Anna V., Garbuzynskiy Sergiy O., Lobanov Michail Yu, Galzitskaya Oxana V.
    • в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 23, № 17, с. 2231-2238 DOI
  • 
    • 2007 Expected packing density allows predicting both amyloidogenic and disordered regions in protein chain
    • Galzitskaya O.V., Garbuzynskiy S.O., Lobanov M.Yu
    • в журнале Journal of Physics Condensed Matter, издательство IOP Publishing ([Bristol, UK], England), том 19, № 28
  • 
    • 2007 More compact protein globules exhibit slower folding rates
    • Galzitskaya Oxana V., Reifsnyder Danielle C., Bogatyreva Natalya S., Ivankov Dmitry N., Garbuzynskiy Sergiy O.
    • в журнале Proteins, том 70, № 2, с. 329-332 DOI
  • 
    • 2007 Understanding the Folding Rates and Folding Nuclei of Globular Proteins
    • Finkelstein Alexei, Ivankov Dmitry, Garbuzynskiy Sergiy, Galzitskaya Oxana
    • в журнале Current Protein and Peptide Science, издательство Bentham Science Publishers (Netherlands), том 8, № 6, с. 521-536 DOI
  • 
    • 2006 Entropy capacity determines protein folding
    • Galzitskaya Oxana V., Garbuzynskiy Sergiy O.
    • в журнале Proteins, том 63, № 1, с. 144-154 DOI
  • 
    • 2006 FoldUnfold: web server for the prediction of disordered regions in protein chain
    • Galzitskaya O.V., Garbuzynskiy S.O., Lobanov M.Yu
    • в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 22, № 23, с. 2948-2949 DOI
  • • 2006 Is it possible to predict amyloidogenic regions from sequence alone?
    • Galzitskaya O.V., Garbuzynskiy S.O., Lobanov M.Yu
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 4, № 2, с. 373-378
  • 
    • 2006 Prediction of Amyloidogenic and Disordered Regions in Protein Chains
    • Galzitskaya Oxana V., Garbuzynskiy Sergiy O., Lobanov Michail Yurievich
    • в журнале PLoS Computational Biology, издательство Public Library of Science (United States), том 2, № 12, с. e177 DOI
  • • 2006 Оптимальное соотношение между средней конформационной энтропией и средней энергией взаимодействия между остатками для быстрого сворачивания белков
    • Галзитская О.В., Гарбузинский С.А.
    • в журнале Биофизика, издательство Наука (М.), том 51, № 4, с. 622-632
  • • 2006 Поиск амилоидогенных участков белковой цепи
    • Галзитская О.В., Гарбузинский С.А., Лобанов М.Ю.
    • в журнале Молекулярная биология, том 40, № 5, с. 910-918
  • • 2006 Предсказание границ доменов на основе статистики встречаемости аминокислотных остатков
    • Галзитская О.В., Довидченко Н.В., Лобанов М.Ю., Гарбузинский С.А.
    • в журнале Молекулярная биология, том 40, № 1, с. 111-121
  • • 2006 Предсказание нативно-развернутых участков белковой цепи
    • Галзитская О.В., Гарбузинский С.А., Лобанов М.Ю.
    • в журнале Молекулярная биология, том 40, № 2, с. 341-348
  • 
    • 2005 Comparison of X-ray and NMR structures: Is there a systematic difference in residue contacts between X-ray- and NMR-resolved protein structures?
    • Garbuzynskiy Sergiy O., Melnik Bogdan S., Lobanov Michail Yu, Finkelstein Alexei V., Galzitskaya Oxana V.
    • в журнале Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, издательство Wiley-Liss Inc (United States), том 60, № 1, с. 139-147 DOI
  • • 2005 On prediction of folding nuclei in globular proteins
    • Garbuzynskiy S.A., Finkelstein A.V., Galzitskaya O.V.
    • в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 39, № 6, с. 1032-1041
  • 
    • 2005 Theoretical study of protein folding: outlining folding nuclei and estimation of protein folding rates
    • Galzitskaya O.V., Garbuzynskiy S.O., Finkelstein A.V.
    • в журнале Journal of Physics Condensed Matter, издательство IOP Publishing ([Bristol, UK], England), том 17, № 18, с. S1539-S1551 DOI
  • • 2005 К вопросу о предсказании ядер сворачивания в глобулярных белках
    • Гарбузинский С.А., Финкельштейн А.В., Галзитская О.В.
    • в журнале Молекулярная биология, том 39, № 6, с. 1032-1041
  • • 2005 Различия между белковыми структурами, определяемыми с помощью рентгеноструктурного анализа и ядерного магнитного резонанса
    • Мельник Б.С., Гарбузинский С.А., Лобанов М.Ю., Галзитская О.В.
    • в журнале Молекулярная биология, том 39, № 1, с. 129-138
  • 
    • 2004 Outlining Folding Nuclei in Globular Proteins
    • Garbuzynskiy Sergiy O., Finkelstein Alexei V., Galzitskaya Oxana V.
    • в журнале Journal of Molecular Biology, издательство Academic Press (United States), том 336, № 2, с. 509-525 DOI
  • 
    • 2003 Chain length is the main determinant of the folding rate for proteins with three-state folding kinetics
    • Galzitskaya Oxana V., Garbuzynskiy Sergiy O., Ivankov Dmitry N., Finkelstein Alexei V.
    • в журнале Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, издательство Wiley-Liss Inc (United States), том 51, № 2, с. 162-166 DOI
  • 
    • 2003 Contact order revisited: Influence of protein size on the folding rate
    • Ivankov Dmitry N., Garbuzynskiy Sergiy O., Alm Eric, Plaxco Kevin W., Baker David, Finkelstein Alexei V.
    • в журнале Protein Science, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States), том 12, № 9, с. 2057-2062 DOI

• Статьи в сборниках

  • • 2022 Решение загадки самоорганизации белка
    • Гарбузинский С.А., Финкельштейн А.В.
    • в сборнике Горизонты биофизики. Т. 1, серия Междисциплинарные вопросы биологии, математики, физики, химии и медицины, издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск), том 1, с. 29-59
  • • 2018 Two Views on the Protein Folding Puzzle
    • Finkelstein Alexei V., Galzitskaya Oxana V., Garbuzynskiy Sergiy O., Badretdin Azat J., Ivankov Dmitry N., Bogatyreva Natalya S.
    • в сборнике Trends in Biomathematics: Modeling, Optimization and Computational Problems, место издания Springer, Cham, с. 391-412 DOI
  • • 2017 Туда и обратно: Два аспекта проблемы сворачивания белка
    • Финкельштейн А.В., Бадретдинов А.Я., Галзитская О.В., Иванков Д.Н., Богатырева Н.С., Гарбузинский С.А.
    • в сборнике Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах, серия Междисциплинарные вопросы биологии, математики, физики, химии и медицины, место издания АНО "Ижевский Институт Компьютерных Исследований" Москва-Ижевск, с. 74-101
  • • 2014 Understanding the Folding Rates and Folding Nuclei of Globular Proteins
    • Finkelstein A.V., Ivankov D.N., Garbuzynskiy S.O., Galzitskaya O.V.
    • в сборнике Frontiers in Protein and Peptide Sciences, место издания BENTHAM SCIENCE PUBLISHERS, том 1, с. 91-138 DOI
  • • 2009 COMPARISON OF Phi-VALUES AND FOLDING TIME PREDICTIONS BY USING MONTE-CARLO AND DYNAMIC PROGRAMMING APPROACHES
    • Galzitskaya O.V., Garbuzynskiy S.O.
    • в сборнике Computational Biology: New Research, с. 277-314
  • • 2008 Folding and aggregation features of proteins
    • Galzitskaya O.V., Garbuzynskiy S.O.
    • в сборнике Protein Misfolding, издательство Nova Science Publishers, Inc. (United States), с. 99-112
  • • 2008 Protein structure and its folding rate
    • Finkelstein A.V., Ivankov D.N., Garbuzynskiy S.O., Galzitskaya O.V.
    • в сборнике Mathematical Modelling of Biosystems (Applied Optimization, 102), место издания Springer, с. 273-301

• Книги

  • • 2017 Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах (Под редакцией Г.Ю.Ризниченко, А.Б.Рубина)
    • Кузнецов А.С., Ефремов Р.Г., Нокс П.П., Горохов В.В., Твердислов В.А., Финкельштейн А.В., Бадретдинов А.Я., Галзитская О.В., Иванков Д.Н., Богатырева Н.С., Гарбузинский С.А., Нечипуренко Ю.Д., Давлетшина Л.Н., Ловягина Е.Р., Сёмин Б.К., Антонов В.Ф., Корепанова Е.А., Немченко О.Ю., Булычев А.А., Маторин Д.Н., Ванин А.Ф., Максимов Г.В., Бочкарева С.С., Кутузов Н.П., Узденский А.Б., Красильников П.М., Кренделева Т.Е., Антал Т.К., Кукарских Г.П., Волгушева А.А., Вершубский А.В., Тихонов А.Н., Ризниченко Г.Ю., Плюснина Т.Ю., Дьяконова А.Н., Коваленко И.Б., Хрущев С.С., Бинги В.Н., Полежаев А.А., Кузнецов М.Б.
    • место издания Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований, ISBN 978-5-4344-0420-4, 522 с.