|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Использование архитектурного белка CTCF с искусственным ДНК-связывающим доменом для модифицирования топологии геномадипломная работа (Магистр)
- Научный руководитель: Ульянов Сергей Владимирович
- Автор: Тюкачева Евгения Александровна
- Тип: Магистр
- Организация, в которой проходила защита: Институт динамики систем и теории управления имени В.М. Матросова СО РАН, Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)
- Год защиты: 2021
- Аннотация: Пространственная организация хроматина оказывает значительное влияние на регуляцию экспрессии генов. Различные уровни компактизации хроматина позволяют взаимодействовать генам и регуляторным элементам, расположенным в соседних или дистальных локусах, что может вызывать изменение уровней транскрипции. Модификации нормальных профилей контактов из-за различных мутаций часто приводят к развитию широкого спектра патологий. Одним из наиболее известных белков, участвующих в пространственной организации генома, является CTCF. Связываясь с когезином, он способен образовывать петли и тем самым задавать позиции границ хроматиновых доменов. CTCF связывается c определенными сайтами (CTCF-binding sites, CBS), расположенными в определенной ориентации. На топологию генома можно повлиять вставкой или делецией сайтов связывания CTCF с использованием технологии CRISPR-Cas, но это может иметь негативные последствия, такие как хромосомные транслокации и изменения не только в целевой области. В этой связи, актуальной представляется задача по созданию системы редактирования топологии генома с помощью привлечения CTCF к определённым геномным локусам без необходимости интеграции CBS в геномную ДНК. Основываясь на вышеизложенном, в этой работе мы поставили перед собой следующую цель: исследовать возможность редактирования 3D генома с помощью эктопического привлечения CTCF к заранее выбранным локусам генома. В рамках этой рабты мы также планировали проверить, можно ли использовать эту технологию для восстановления исходного профиля петель после делеции CBS. Планировалось удалить один из сайтов CBS, используя полноценный Cas9, а затем, привлекая в этот локус химерный белок dCas9-CTCF-GFP проверить, не образуется ли в этом месте исходные взаимодействия. Для достижения поставленной цели были сформулированы следующие задачи: - получение клеточных линий K562 с делецией сайтов связывания CTCF, вовлеченных в формирование сложных петлевых рисунков; - привлечение dCas9-CTCF-GFP к заранее выбранным точкам генома в популяциях клеток с делецией сайта связывания CTCF и без нее; - получение карт пространственных взаимодействий для клеток линий с делецией сайта связывания CTCF, с привлечением dCas9-CTCF-GFP и контрольной линии.
- Добавил в систему: Ульянов Сергей Владимирович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | Diplom_red.pdf | 4,1 МБ | 16 июня 2021 [SergeyUlyanov] |