Тимофеев Владимир Игоревич
пользователь
Институт кристаллографии РАН
Количество цитирований статей в журналах по данным
Web of Science: 377,
Scopus: 361
IstinaResearcherID (IRID): 41004922
Деятельность
-
Статьи в журналах
-
-
2022
The Role of Cations and Anions in the Formation of Crystallization Oligomers in Protein Solutions as Revealed by Combination of Small-Angle X-ray Scattering and Molecular Dynamics
-
Marchenkova Margarita A.,
Konarev Petr V.,
Kordonskaya Yuliya V.,
Ilina Kseniia B.,
Pisarevsky Yury V.,
Soldatov Alexander V.,
Timofeev Vladimir I.,
Kovalchuk Mikhail V.
-
в журнале Crystals, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 12, № 6
DOI
-
-
-
2020
The binding of precipitant ions in the tetragonal crystals of hen egg white lysozyme
-
Marchenkova M.A.,
Kuranova I.P.,
Timofeev V.I.,
Boikova A.S.,
Dorovatovskii P.V.,
Dyakova Y.A.,
Ilina K.B.,
Pisarevskiy Y.V.,
Kovalchuk M.V.
-
в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 38, № 17, с. 5159-5172
-
-
2019
Dodecamers derived from the crystal structure were found in the pre-crystallization solution of the transaminase from the thermophilic bacterium Thermobaculum terrenum by small-angle X-ray scattering
-
Marchenkova Margarita A.,
Konarev Petr V.,
Rakitina Tatiana V.,
Timofeev Vladimir I.,
Boikova Anastasiia S.,
Dyakova Yulia A.,
Ilina Kseniia B.,
Korzhenevskiy Dmitry A.,
Nikolaeva Alena Yu,
Pisarevsky Yurii V.,
Kovalchuk Mikhail V.
-
в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), с. 1-6
DOI
-
-
2019
Study of the Influence of a Precipitant Cation on the Formation of Oligomers in Crystallization Solutions of Lysozyme Protein
-
Dyakova Yu A.,
Boikova A.S.,
Ilina K.B.,
Konarev P.V.,
Marchenkova M.A.,
Pisarevsky Yu V.,
Timofeev V.I.,
Kovalchuk M.V.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 64, № 1, с. 11-15
DOI
-
-
2019
The nature of the ligand’s side chain interacting with the S1'-subsite of metallocarboxypeptidase T (from Thermoactinomyces vulgaris) determines the geometry of the tetrahedral transition complex
-
Akparov V.Kh,
Timofeev V.I.,
Konstantinova G.E.,
Khaliullin I.G.,
Kuranova I.P.,
Rakitina T.V.,
Švedas V.
-
в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 14, № 12, с. e0226636
DOI
-
-
2019
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ КАТИОНА ОСАДИТЕЛЯ НА ОБРАЗОВАНИЕ ОЛИГОМЕРОВ В КРИСТАЛЛИЗАЦИОННЫХ РАСТВОРАХ БЕЛКА ЛИЗОЦИМА
-
Дьякова Ю.А.,
Бойкова А.С.,
Ильина К.Б.,
Конарев П.В.,
Марченкова М.А.,
Писаревский Ю.В.,
Тимофеев В.И.,
Ковальчук М.В.
-
в журнале Кристаллография, издательство ФГУП Издательство «Наука» (Москва), том 64, № 1, с. 15-19
DOI
-
-
-
-
-
2018
Crystal structure of Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase in complex with 7-deazahypoxanthine
-
Timofeev Vladimir I.,
Zhukhlistova Nadezhda E.,
Abramchik Yuliya A.,
Fateev Ilya I.,
Kostromina Maria A.,
Muravieva Tatiana I.,
Esipov Roman S.,
Kuranova Inna P.
-
в журнале Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, издательство International Union of Crystallography (United Kingdom), том 74, № 6, с. 355-362
DOI
-
-
-
-
-
2018
Mobile Loop in the Active Site of Metallocarboxypeptidases as an Underestimated Determinant of Substrate Specificity
-
Akparov V.Kh,
Timofeev V.I.,
Khaliullin I.G.,
Konstantinova G.E.,
Kuranova I.P.,
Rakitina T.V.,
Švedas and V.K
-
в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 83, № 12-13, с. 1594-1602
DOI
-
-
2018
Pre-crystallization phase formation of thermolysin hexamers in solution close to crystallization conditions
-
Kovalchuk Mikhail V.,
Boikova Anastasiia S.,
Dyakova Yulia A.,
Ilina Kseniia B.,
Konarev Petr V.,
Kryukova Alyona E.,
Marchenkova Margarita A.,
Pisarevsky Yurii V.,
Timofeev Vladimir I.
-
в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 37, № 12, с. 3058-3064
DOI
-
-
2018
Structural plasticity and thermal stability of the histone-like protein from Spiroplasma melliferum are due to phenylalanine insertions into the conservative scaffold
-
Timofeev Vladimir I.,
Altukhov Dmitry A.,
Talyzina Anna A.,
Agapova Yulia K.,
Vlaskina Anna V.,
Korzhenevskiy Dmitry A.,
Kleymenov Sergey Yu,
Bocharov Eduard V.,
Rakitina Tatiana V.
-
в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 36, № 16, с. 4392-4404
DOI
-
-
-
2018
Study of the Behavior of Lysozyme Oligomers in Solutions by the Molecular Dynamics Method
-
Kordonskaya Yu V.,
Timofeev V.I.,
Dyakova Yu A.,
Marchenkova M.A.,
Pisarevsky Yu V.,
Podshivalov D.D.,
Kovalchuk M.V.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 63, № 6, с. 947-950
DOI
-
-
-
2017
Activity modulation of the oligopeptidase B from Serratia proteamaculans by site-directed mutagenesis of amino acid residues surrounding catalytic triad histidine
-
Mikhailova Anna G.,
Rakitina Tatiana V.,
Timofeev Vladimir I.,
Karlinsky David M.,
Korzhenevskiy Dmitry A.,
Agapova Yulia K.,
Vlaskina Anna V.,
Ovchinnikova Marina V.,
Gorlenko Valentina A.,
Rumsh Lev D.
-
в журнале Biochimie, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 139, с. 125-136
DOI
-
-
-
2017
Comparison of histone-like HU protein DNA-binding properties and HU/IHF protein sequence alignment
-
Kamashev Dmitri,
Agapova Yulia,
Rastorguev Sergey,
Talyzina Anna A.,
Boyko Konstantin M.,
Korzhenevskiy Dmitry A.,
Vlaskina Anna,
Vasilov Raif,
Timofeev Vladimir I.,
Rakitina Tatiana V.
-
в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 12, № 11, с. e0188037
DOI
-
-
2017
Crystal structure of recombinant phosphoribosylpyrophosphate synthetase 2 from Thermus thermophilus HB27 complexed with ADP and sulfate ions
-
Timofeev Vladimir I.,
Sinitsyna Ekaterina V.,
Kostromina Maria A.,
Muravieva Tatiana I.,
Makarov Dmitry A.,
Mikheeva Olga O.,
Kuranova Inna P.,
Esipov Roman S.
-
в журнале Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, издательство International Union of Crystallography (United Kingdom), том 73, № 6, с. 369-375
DOI
-
-
-
2017
Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of recombinant adenine phosphoribosyltransferase from the thermophilic bacterium Thermus thermophilus strain HB27
-
Sinitsyna E.V.,
Timofeev V.I.,
Tuzova E.S.,
Kostromina M.A.,
Murav’eva T.I.,
Esipov R.S.,
Kuranova I.P.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 62, № 4, с. 580-583
DOI
-
-
-
-
-
-
2016
Enhanced conformational flexibility of the histone-like (HU) protein from Mycoplasma gallisepticum
-
Altukhov Dmitry A.,
Talyzina Anna A.,
Agapova Yulia K.,
Vlaskina Anna V.,
Korzhenevskiy Dmitry A.,
Bocharov Eduard V.,
Rakitina Tatiana V.,
Timofeev Vladimir I.,
Popov Vladimir O.
-
в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 36, № 1, с. 45-53
DOI
-
-
2016
In Situ-исследования состояния молекул лизоцима на стадии начала процесса кристаллизации методом малоуглового рентгеновского рассеяния
-
Марченкова М.А.,
Волков В.В.,
Благов А.Е.,
Дьякова Ю.А.,
Ильина К.Б.,
Терещенко Е.Ю.,
Тимофеев В.И.,
Писаревский Ю.В.,
Ковальчук М.В.
-
в журнале Кристаллография, издательство ФГУП Издательство «Наука» (Москва), том 61, № 1, с. 10-15
-
-
2016
In situ study of the state of lysozyme molecules at the very early stage of the crystallization process by small-angle X-ray scattering
-
Marchenkova M.A.,
Volkov V.V.,
Blagov A.E.,
Dyakova Yu A.,
Ilina K.B.,
Tereschenko E.Yu,
Timofeev V.I.,
Pisarevsky Yu V.,
Kovalchuk M.V.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 61, № 5, с. 5-10
-
-
2016
Investigation of the Initial Crystallization Stage in Lysozyme Solutions by Small-Angle X-ray Scattering
-
Kovalchuk M.V.,
Blagov A.E.,
Dyakova Y.A.,
Gruzinov A.Yu,
Marchenkova M.A.,
Peters G.S.,
Pisarevsky Y.V.,
Timofeev V.I.,
Volkov V.V.
-
в журнале Crystal Growth and Design, издательство American Chemical Society (United States), том 16, № 6, с. 1792-1797
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2015
Isolation, Purification, Crystallization, and Preliminary X-ray Diffraction Study of the Crystals of HU Protein from M. gallisepticum
-
Nikolaeva A.Yu,
Timofeev V.I.,
Boiko K.M.,
Korzhenevskii D.A.,
Rakitinaa T.V.,
Dorovatovskii P.V.,
Lipkin A.V.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 60, № 6, с. 880-883
DOI
-
-
2015
Purification, crystallization, and preliminary X-ray diffraction study of purine nucleoside phosphorylase from E. coli
-
Abramchik Yu A.,
Timofeev V.I.,
Zhukhlistova N.E.,
Muravieva T.I.,
Esipov R.S.,
Kuranova I.P.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 60, № 4, с. 521-524
DOI
-
-
-
2015
Structure of recombinant prolidase from Thermococcus sibiricus in space group P21221
-
Timofeev V.,
Slutskaya E.,
Gorbacheva M.,
Boyko K.,
Rakitina T.,
Korzhenevskiy D.,
Lipkin A.,
Popov V.
-
в журнале Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, издательство International Union of Crystallography (United Kingdom), том 71, № Pt 8, с. 951-957
DOI
-
-
-
2015
ВЫДЕЛЕНИЕ, ОЧИСТКА, КРИСТАЛЛИЗАЦИЯ И ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ РЕНТГЕНОВСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ КРИСТАЛЛОВ HU-БЕЛКА ИЗ
-
Николаева А.Ю.,
Тимофеев В.И.,
Бойко К.М.,
Корженевский Д.А.,
Ракитина Т.В.,
Дороватовский П.В.,
Липкин А.В.
-
в журнале Кристаллография, издательство ФГУП Издательство «Наука» (Москва), том 60, с. 922-925
-
-
2014
3 '-azidothymidine in the active site of Escherichia coli thymidine phosphorylase: the peculiarity of the binding on the basis of X-ray study
-
Timofeev Vladimir,
Abramchik Yulia,
Zhukhlistova Nadezda,
Muravieva Tatiana,
Fateev Ilya,
Esipov Roman,
Kuranova Inna
-
в журнале Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 70, № 4, с. 1155-1165
DOI
-
-
2013
Three-dimensional structure of thymidine phosphorylase from E. coli in complex with 3 '-azido-2 '-fluoro-2 ',3 '-dideoxyuridine
-
Timofeev V.I.,
Abramchik Yu A.,
Fateev I.V.,
Zhukhlistova N.E.,
Murav’eva T.I.,
Kuranova I.P.,
Esipov R.S.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 58, № 6, с. 842-853
DOI
-
-
-
-
2011
Crystal growth of phosphopantetheine adenylyltransferase, carboxypeptidase t, and thymidine phosphorylase on the international space station by the capillary counter-diffusion method
-
Kuranova I.P.,
Smirnova E.A.,
Abramchik Yu A.,
Chupova L.A.,
Esipov R.S.,
Akparov V.Kh,
Timofeev V.I.,
Kovalchuk M.V.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 56, № 5, с. 884-891
DOI
-
-
-
-
-
2010
Recombinant formate dehydrogenase from Arabidopsis thaliana: Preparation, crystal growth in microgravity, and preliminary X-ray diffraction study
-
Shabalin I.G.,
Serov A.E.,
Skirgello O.E.,
Timofeev V.I.,
Samygina V.R.,
Popov V.O.,
Tishkov V.I.,
Kuranova I.P.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 55, № 5, с. 806-810
DOI
-
-
-
2009
Protein crystal growth on the Russian segment of the International Space Station
-
Smirnova E.A.,
Kislitsyn Yu A.,
Sosfenov N.I.,
Lyashenko A.V.,
Popov A.N.,
Baĭdus’ A.N.,
Timofeev V.I.,
Kuranova I.P.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 54, № 5, с. 901-911
DOI
-
-
2007
Isolation, crystallization and preliminary crystallographic analysis of Salmonella typhimuriumuridine phosphorylase crystallized with 2,2 '-anhydrouridine
-
Timofeev Vladimir I.,
Lashkov Alexander A.,
Gabdoulkhakov Azat G.,
Pavlyuk Bogdan Ph,
Kachalova Galina S.,
Betzel Christian,
Morgunova Ekaterina Yu,
Zhukhlistova Nadezhda E.,
Mikhailov Al'bert M.
-
в журнале Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, издательство International Union of Crystallography (United Kingdom), том 63, № 10, с. 852-854
DOI
-
-
2007
Structure of the homodimer of uridine phosphorylase from Salmonella typhimurium in the native state at 1.9 Å resolution
-
Timofeev V.I.,
Pavlyuk B.F.,
Lashkov A.A.,
Seregina T.A.,
Gabdulkhakov A.G.,
Vaĭnshteĭn B.K.,
Mikhaĭlov A.M.
-
в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 52, № 6, с. 1072-1078
DOI
-
Доклады на конференциях
-
-
-
-
-
-
-
2016
Механизм действия бактериальных олигопептидаз В. Роль солевых мостов в активации фермента
(Устный)
-
Авторы:
Михайлова А.Г.,
Ракитина Т.В.,
Карлинский Д.М.,
Тимофеев В.И.,
Румш Л.Д.,
Агапова Ю.Е.,
Власкина А.В.,
Овчинникова М.В.,
Горленко В.А.,
Корженевский Д.А.
-
V Съезд физиологов СНГ, V Съезд Биохимиков России, Сочи, Россия, 4-8 октября 2016
-
Тезисы докладов
-
-
-
-
2023
МАТЕМАТИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ КВАНТОВЫХ ВЫХОДОВ АКТИВИРОВАННОЙ КУМАРИНАМИ С‒334 и С‒525 ХЕМИЛЮМИНЕСЦЕНЦИИ ПОД ДЕЙСТВИЕМ КОМПЛЕКСА ЦИТОХРОМА С С КАРДИОЛИПИНОМ
-
Левченко И.Н.,
Владимиров Г.К.,
Володяев И.В.,
Тимофеев В.И.
-
в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ 30:, серия МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, место издания РХД Москва-Ижевск, том 30, тезисы, серия МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, место издания РХД Москва-Ижевск, том 30, тезисы
-
-
2016
Исследование поведения олигомеров белка лизоцима в растворах методом молекулярной динамики
-
Подшивалов Д.Д.,
Благов А.Е.,
Дьякова Ю.А.,
Марченкова М.А.,
Писаревский Ю.В.,
Тимофеев В.И.,
Ковальчук М.В.
-
в сборнике Сборник тезисов Первого российского кристаллографического конгресса, Москва, ВДНХ, 21-26 ноября 2016 г, место издания ООО "НП-Принт" СПб, тезисы, с. 255-255
-
-
2015
Development of new antibacterial drugs based on inhibitors of histone-like HU-proteins
-
Boyko K.,
Nikolaeva A.,
Rakitina T.,
Korgenevsky D.,
Stroylov V.,
Timofeev V.,
Lipkin A.,
Popov V.
-
в сборнике FEBS Journal, серия Special Issue: 40th FEBS Congress, The Biochemical Basis of Life, том 281, тезисы, с. 388-388