|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Parametrization of the elastic network model using high-throughput parallel molecular dynamics simulationsстатья Исследовательская статья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Информация о цитировании статьи получена из
Scopus
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 11 ноября 2019 г.
- Авторы: Orekhov P.S., Kirillov I.V., Fedorov V.A., Kovalenko I.B., Gudimchuk N.B., Zhmurov A.A.
- Журнал: Supercomputing Frontiers and Innovations
- Том: 6
- Номер: 1
- Год издания: 2019
- Первая страница: 19
- Последняя страница: 22
- DOI: 10.14529/jsfi190104
- Аннотация: Even when modern computational platforms and parallel techniques are used, conventional all-atom simulations are limited both in terms of reachable timescale and number of atoms in the biomolecular system of interest. On the other hand, coarse-grained models, which allow to overcome this limitation, rely on proper and rigorous parametrization of the underlying force field. Here, we present a novel iterative approach for parametrization of coarse-grained models based on direct comparison of equilibrium simulations at all-atom and coarse-grained resolutions. In order to assess the accuracy of our method, we have built and parametrized an elastic network model (ENM) of the tubulin protofilament consisting of four monomers. For this system, our method shows good convergence and the parametrized ENM reproduces protein dynamics in a finer way when compared to ENMs parametrized using the conventional approach. The presented method can be extended to other coarse-grained models with a slight adjustment of the equations describing the iterative scheme.
- Добавил в систему: Коваленко Илья Борисович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | superfri_2019.pdf | superfri_2019.pdf | 2,7 МБ | 29 апреля 2019 [orekhovPS] |