ИСТИНА

Kulakovskiy I.V.

Соавторы: Vorontsov I.E., Елисеева И.А., Купраш Д.В., Путляева Л.В., Шварц А.М., Дмитриев С.Е., Demin D.E., Favorov A., Kolpakov F.A., Makeev V., Tatosyan K.A., Анисимова А., Егоров А.А. показать полностью..., Клепикова А.В., Корнеев К.В., Лябин Д.Н., Овчинников Л.П., Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Jolma A., Kasianova A.M., Kolmykov S.K., Kondrashov F.A., Lando A.S., Levshin I.B., Medvedeva Y., Polanovsky O.L., Sidorenko S.P., Абрамов С.С., Андреев Д.Е., Баулин Е.Ф., Боголюбова-Кузнецова А.В., Борцов А.А., Буянова С.М., Генс Г.П., Гладышев В.Н., Дейкин А.В., Зинкевич А.О., Зленко Д.В., Калмыков С.А., Касьянов А.С., Лашкевич К.А., Логачёва М.Д., Макеева Д.С., Митькин Н.А., Никонов М.А., Пензар Д.Д., Пенин А.А., Свиряева Е.Н., Синицын П.Г., Теренин И.М., Уварова А.Н., Фридман М.В., Чович М., Шатский И.Н.

11 статей, 13 докладов на конференциях, 2 дипломные работы, 5 курсовых работ

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 49, Scopus: 63

IstinaResearcherID (IRID): 14789638

Деятельность

• Статьи в журналах

  • • 2023 HOCOMOCO in 2024: a rebuild of the curated collection of binding models for human and mouse transcription factors
    • Vorontsov Ilya E., Eliseeva Irina A., Zinkevich Arsenii, Nikonov Mikhail, Abramov Sergey, Boytsov Alexandr, Kamenets Vasily, Kasianova Alexandra, Kolmykov Semyon, Yevshin Ivan S., Favorov Alexander, Medvedeva Yulia A., Jolma Arttu, Kolpakov Fedor, Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2021 Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome
    • Abramov Sergey, Boytsov Alexandr, Bykova Daria, Penzar Dmitry D., Yevshin Ivan, Kolmykov Semyon K., Fridman Marina V., Favorov Alexander V., Vorontsov Ilya E., Baulin Eugene, Kolpakov Fedor, Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), том 12, № 1 DOI
  • • 2020 YB-3 substitutes YB-1 in global mRNA binding
    • Lyabin D.N., Eliseeva I.A., Smolin E.A., Doronin A.N., Budkina K.S., Kulakovskiy I.V., Ovchinnikov L.P.
    • в журнале RNA Biology, издательство Landes Bioscience (United States) DOI
  • 
    • 2019 Translatome and transcriptome analysis of TMA20 (MCT-1) and TMA64 (eIF2D) knockout yeast strains
    • Makeeva Desislava S., Lando Andrey S., Anisimova Aleksandra, Egorov Artyom A., Logacheva Maria D., Penin Alexey A., Andreev Dmitry E., Sinitcyn Pavel G., Terenin Ilya M., Shatsky Ivan N., Kulakovskiy Ivan V., Dmitriev Sergey E.
    • в журнале Data in Brief, издательство Elsevier Inc. (США), том 23, с. 103701 DOI
  • 
    • 2019 svist4get: a simple visualization tool for genomic tracks from sequencing experiments
    • Egorov Artyom A., Sakharova Ekaterina A., Anisimova Aleksandra S., Dmitriev Sergey E., Gladyshev Vadim N., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале BMC Bioinformatics, издательство BioMed Central (London), том 20, № 1, с. 113-119 DOI
  • 
    • 2018 The Novel Short Isoform of Securin Stimulates the Expression of Cyclin D3 and Angiogenesis Factors VEGFA and FGF2, but Does Not Affect the Expression of MYC Transcription Factor
    • Demin D.E., Bogolyubova A.V., Zlenko D.V., Uvarova A.N., Deikin A.V., Putlyaeva L.V., Belousov P.V., Mitkin N.A., Korneev K.V., Sviryaeva E.N., Kulakovskiy I.V., Tatosyan K.A., Kuprash D.V., Schwartz A.M.
    • в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 52, № 3, с. 436-445 DOI
  • 
    • 2017 Multiple single nucleotide polymorphisms in the first intron of the IL2RA gene affect transcription factor binding and enhancer activity
    • Schwartz Anton M., Demin Denis E., Vorontsov Ilya E., Kasyanov Artem S., Putlyaeva Lidia V., Tatosyan Karina A., Kulakovskiy Ivan V., Kuprash Dmitry V.
    • в журнале Gene, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 602, с. 50-56 DOI
  • 
    • 2017 The Minor Variant of the Single-Nucleotide Polymorphism rs3753381 Affects the Activity of a SLAMF1 Enhancer
    • Putlyaeva L.V., Schwartz A.M., Klepikova A.V., Vorontsov I.E., Kulakovskiy I.V., Kuprash D.V.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 9, № 3, с. 94-102
  • 
    • 2016 Early B-cell factor 1 (EBF1) is critical for transcriptional control of SLAMF1 gene in human B cells
    • Schwartz A.M., Putlyaeva L.V., Covich M., Klepikova A.V., Akulich K.A., Vorontsov I.E., Korneev K.V., Dmitriev S.E., Polanovsky O.L., Sidorenko S.P., Kulakovskiy I.V., Kuprash D.V.
    • в журнале Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 1859, № 10, с. 1259-1268 DOI
  • 
    • 2014 Alternative Forms of Y-Box Binding Protein 1 and YB-1 mRNA
    • Lyabin Dmitry N., Doronin Alexander N., Eliseeva Irina A., Guens Gelena P., Kulakovskiy Ivan V., Ovchinnikov Lev P.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 9, № 8, с. e104513 DOI
  • 
    • 2013 In silico motif analysis suggests an interplay of transcriptional and translational control in mTOR response
    • Irina Eliseeva, Ilya Vorontsov, Kirill Babeyev, Sofya Buyanova, Maria Sysoeva, Fyodor Kondrashov, Ivan Kulakovskiy
    • в журнале Translation, том 1, № 2, с. 18-24 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2023 Cold diffusion for rational promoter design with a deep learning model (Стендовый)
    • Авторы: Noskova Elizaveta, Zinkevich Arsenii, Kulakovskiy Ivan, Penzar Dmitry
    • MCCMB 2023, Москва, Территория Инновационного Центра “Сколково”, Россия, 3-6 августа 2023
  • • 2023 Deep learning for predicting the effect of mRNA untranslated regions on gene expression measured in parallel reporter assays (Стендовый)
    • Авторы: Zinkevich Arsenii, Noskova Elizaveta, Penzar Dmitry, Kulakovskiy Ivan
    • MCCMB 2023, Москва, Территория Инновационного Центра “Сколково”, Россия, 3-6 августа 2023
  • • 2023 Deep learning for predicting the impact of single-nucleotide variants on transcription factor binding using in vitro experimental data (Стендовый)
    • Авторы: Vlasov Anton, Penzar Dmitry, Zinkevich Arsenii, Kulakovskiy Ivan
    • MCCMB 2023, Москва, Территория Инновационного Центра “Сколково”, Россия, 3-6 августа 2023
  • • 2020 Molecular mechanisms of neighboring gene effect in the yeast knockout library (Стендовый)
    • Авторы: Egorov A.A., Alexandrov A.I., Urakov V.N., Edakin R.O., Makeeva D.S., Gladyshev V.N., Kulakovskiy I.V., Dmitriev S.E.
    • 3-rd International Conference "Homo sapiens liberatus", НИИ ФХБ Белозерского, Факультет Фундаментальной медицины МГУ имени Ломоносова, Россия, 20-21 февраля 2020
  • • 2019 Ribosome profiling of mouse organs reveals translational deregulation of protein synthesis machinery during aging (Стендовый)
    • Авторы: Anisimova A.S., Meerson M.B., Gerashchenko M.V., Kulakovskiy I.V., Dmitriev S.E., Gladyshev V.N.
    • EMBO Workshop "Protein synthesis and translational control", Heidelberg, Германия, 4-7 сентября 2019
  • • 2019 Transcription factor binding sites affect mTOR translational response. (Стендовый)
    • Авторы: Eliseeva I.A., Zhilin D., Vasilieva M.I., Voronstov I.E., Kulakovskiy I.V., Ovchinnikov L.P.
    • EMBO Workshop "Protein synthesis and translational control", Heidelberg, Германия, 4-7 сентября 2019
  • • 2019 The standard KanMX gene knockout cassette strongly affects the expression of neighboring genes at transcriptional and translational levels (Стендовый)
    • Авторы: Egorov Artyom A., Edakin Roman O., Alexandrov Alexander I., Makeeva Desislava S., Kulakovskiy Ivan V., Dmitriev Sergey E., Gladyshev Vadim N.
    • XXIX International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology (ICYGMB 2019), Gothenburg, Швеция, 18-22 августа 2019
  • • 2019 Identification of the human ribosomal RNA contacts with mRNA-binding proteins using eCLIP data from ENCODE (Стендовый)
    • Авторы: Dmitriev S.E., Kulakovskiy I.V., Buyan A.I.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 svist4get: a simple visualization tool for genomic tracks from RNA-Seq, RiboSeq and other high-throughput sequencing data (Стендовый)
    • Авторы: Egorov A.A., Anisimova A.S., Sakharova E.A., Dmitriev S.E., Gladyshev V.N., Kulakovskiy I.V.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Predicting regulatory effects of SNVs using transcription factor binding data (Стендовый)
    • Авторы: Zinkevich Arsenii O., Penzar Dmitry D., Kulakovskiy Ivan V.
    • XXVI International Scientific Conference of Students, Postgraduates and Young Scientists "Lomonosov", Moscow, Lomonosov MSU, Россия, 8-12 апреля 2019
  • • 2018 Ribosome profiling reveals age-related changes in protein synthesis in mice (Стендовый)
    • Авторы: Anisimova AS, Meerson MB, Gerashchenko MV, Makarova NE, Kulakovskiy IV, Dmitriev SE, Gladyshev VN
    • Interventions to extend healthspan and lifespan, Казань, Россия, 23 апреля - 26 августа 2018
  • • 2018 Translatome alteration in mouse organs during aging (Устный)
    • Авторы: Meerson MB, Gerashchenko MV, Makarova NE, Kulakovskiy IV, Gladyshev VN, Dmitriev SE, Anisimova AS
    • Interventions to extend healthspan and lifespan, Казань, Россия, 23 апреля - 26 августа 2018
  • • 2015 Functional transcription factor binding sites from the IL2Ra locus that contain SNPs associated with autoimmune pathologies (Стендовый)
    • Авторы: Shvarts A.M., Putlyaeva L.V., Kasianov A.S., Afanasyeva M.A., Covich M., Korneev K.V., Kulakovskiy I.V., Makeev V.J., Kuprash D.V.
    • The 40th FEBS Congress, Берлин, Германия, 4-9 июля 2015

• Руководство дипломными работами

  • • 2018 Полногеномный анализ трансляции малоизученных рамок считывания у мышей разных возрастов
    • Научные руководители: Гладышев В.Н., Дмитриев С.Е., Кулаковский И.В.
    • Автор: Меерсон Марк Борисович (Специалист)
  • • 2018 Поиск возрастных изменений в биосинтезе белка у мышей методом рибосомного профайлинга
    • Научные руководители: Дмитриев С.Е., Кулаковский И.В., Гладышев В.Н.
    • Автор: Александра Анисимова (Специалист)

• Руководство курсовыми работами

  • • 2020 Идентификация контактов мРНК-связывающих белков с транскриптами повторяющихся элементов генома человека на основе данных eCLIP
    • Научные руководители: Дмитриев С.Е., Кулаковский И.В.
    • Автор: Буян Андрей Игоревич (Специалист)
  • • 2019 Уточнение предсказания сайтов связывания транскрипционных факторов методами машинного обучения
    • Научные руководители: Кулаковский И.В., Спирин С.А.
    • Автор: Кравченко Павел Андреевич (Специалист)
  • • 2019 Использование данных о связывании факторов транскрипции для предсказания регуляторных эффектов однонуклеотидных вариантов
    • Научные руководители: Кулаковский И.В., Спирин С.А.
    • Автор: Зинкевич Арсений Олегович (Специалист)
  • • 2019 Идентификация контактов человеческой рибосомной РНК с мРНК-связывающими белками с использованием данных экспериментов eCLIP
    • Научные руководители: Дмитриев С.Е., Кулаковский И.В.
    • Автор: Буян Андрей Игоревич (Специалист)
  • • 2018 Предсказание транскрипционных регуляторных элементов методами машинного обучения
    • Научные руководители: Спирин С.А., Кулаковский И.В.
    • Автор: Пензар Дмитрий Дмитриевич (Специалист)