Выберите категорию обращения:
Общие вопросы
Отчеты
Рейтинги
Мониторинговый отчёт
Диссертационные советы
Конкурсы
Ввод данных
Структура организаций
Аспирантура
Научное оборудование
Импорт педагогической нагрузки
Журналы и импакт-факторы
Тема обращения:
Описание проблемы:
Введите почтовый адрес:
ИСТИНА
Войти в систему
Регистрация
ИСТИНА ИНХС РАН
Главная
Поиск
Статистика
О проекте
Помощь
В связи с техническими работами в центре обработки данных, часть прикреплённых файлов в настоящее время недоступна.
скрыть
Кулаковский Иван Владимирович
доктор биологических наук
Институт белка РАН, ведущий научный сотрудник группы регуляции биосинтеза белка
Соавторы:
Vorontsov I.E.
,
Makeev V.
,
Дмитриев С.Е.
,
Пензар Д.Д.
,
Баулин Е.Ф.
,
Егоров А.А.
,
Елисеева И.А.
,
Анисимова А.
,
Гладышев В.Н.
,
Abramov S.
,
Afanasyeva M.
,
Boytsov A.
,
Favorov A.
показать полностью...
,
Kolmykov S.K.
,
Nogina D.S.
,
Yevshin I.
,
Александров А.И.
,
Зинкевич А.О.
,
Купраш Д.В.
,
Макарова Н.Е.
,
Макеева Д.С.
,
Ураков В.Н.
,
Фридман М.В.
,
Шварц А.М.
,
Achituv Y.
,
Adhikar A.N.
,
Aiusheeva A.Z.
,
Amato S.
,
Anat -.-.
,
Astakhova T.V.
,
Ballester J.L.
,
Beer M.A.
,
Besedina E.G.
,
Boyd A.
,
Bucher P.
,
Bykova D.
,
Demin D.E.
,
Dong S.
,
Fakhranurova L.I.
,
Fornes O.
,
Gerashchenko M.V.
,
Giovanni A.D.
,
Groux R.
,
Hawkins-Hooker A.
,
Hrytseniuk Y.S.
,
Inoue F.
,
Jan G.
,
John R.O.
,
Juven-Gershon T.
,
Kasianova A.M.
,
Kenlay H.
,
Kirchner
,
Kolpakov F.
,
Kolpakov F.A.
,
Kuznetsov I.A.
,
Lando A.S.
,
Martin B.
,
Mishchenko P.A.
,
Mitkevich O.V.
,
Patra A.
,
Polanovsky O.L.
,
Rafi A.M.
,
Roytberg M.A.
,
Shendure J.
,
Shigeki N.
,
Sitnik V.V.
,
Trilisenko L.V.
,
Unger R.
,
Xiong C.
,
Yan Z.
,
Артемов А.В.
,
Аульченко Ю.С.
,
Бабич А.М.
,
Быков Д.
,
Горбачева А.М.
,
Едакин Р.О.
,
Ершова А.С.
,
Зацепин Т.С.
,
Ивао О.П.
,
Колюпанова Н.М.
,
Корнеев К.В.
,
Кущенко А.С.
,
Лябин Д.Н.
,
Медведева Ю.А.
,
Меерсон М.Б.
,
Митькин Н.А.
,
Ни В.
,
Николаева Д.Д.
,
Никонов О.С.
,
Носкова Е.О.
,
Папаценко Д.А.
,
Пенин А.А.
,
Приказчикова Т.А.
,
Путляева Л.В.
,
Раменский В.Е.
,
Свиряева Е.Н.
,
Смирнова В.В.
,
Согорина Е.М.
,
Субач Ф.В.
,
Теренин И.М.
,
Уварова А.Н.
,
Устюгова А.С.
,
Хамид Х.
,
Шалыбкова А.А.
,
Шатский И.Н.
,
Шестакова Е.Д.
20 статей
,
12 докладов на конференциях
,
2 НИР
,
4 дипломные работы
,
1 курсовая работа
,
1 выступление в СМИ
Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 38, Scopus: 36
IstinaResearcherID (IRID): 39521762
Деятельность
Статьи в журналах
2023
Human Tissues Exhibit Diverse Composition of Translation Machinery
Anisimova Aleksandra S.
,
Kolyupanova Natalia M.
,
Makarova Nadezhda E.
,
Egorov Artyom A.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 24, № 9, с. 8361
DOI
2023
LegNet: a best-in-class deep learning model for short DNA regulatory regions
Penzar Dmitry
,
Nogina Daria
,
Noskova Elizaveta
,
Zinkevich Arsenii
, Meshcheryakov Georgy,
Lando Andrey
,
Rafi Abdul Muntakim
, de Boer Carl,
Kulakovskiy Ivan V.
в журнале
Bioinformatics
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, том 39, № 8
DOI
2022
ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs
Boytsov Alexandr
,
Abramov Sergey
,
Aiusheeva Ariuna Z.
,
Kasianova Alexandra M.
,
Baulin Eugene
,
Kuznetsov Ivan A.
,
Aulchenko Yurii S.
,
Kolmykov Semyon
,
Yevshin Ivan
,
Kolpakov Fedor
,
Vorontsov Ilya E.
,
Makeev Vsevolod J.
,
Kulakovskiy Ivan V.
в журнале
Nucleic Acids Research
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, том 50, № W1, с. W51-W56
DOI
2022
Diverse Regulation of YB-1 and YB-3 Abundance in Mammals
Eliseeva I.A.
,
Sogorina E.M.
, Smolin E.A.,
Kulakovskiy I.V.
,
Lyabin D.N.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 87, № Suppl 1, с. S48-S70
DOI
2022
Ribosomal leaky scanning through a translated uORF requires eIF4G2
Smirnova Victoria V.
,
Shestakova Ekaterina D.
,
Nogina Daria S.
,
Mishchenko Polina A.
,
Prikazchikova Tatiana A.
,
Zatsepin Timofei S.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Shatsky Ivan N.
,
Terenin Ilya M.
в журнале
Nucleic Acids Research
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, том 50, № 2, с. 1111-1127
DOI
2021
A standard knockout procedure alters expression of adjacent loci at the translational level
Egorov Artyom A.
,
Alexandrov Alexander I.
,
Urakov Valery N.
,
Makeeva Desislava S.
,
Edakin Roman O.
,
Kushchenko Artem S.
,
Gladyshev Vadim N.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
в журнале
Nucleic Acids Research
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, том 49, № 19, с. 11134-11144
DOI
2021
Annotation of the local context of RNA secondary structure improves the classification and prediction of A-minors
Shalybkova Anna A.
, Mikhailova Darya S.,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Fakhranurova Liliia I.
,
Baulin Eugene F.
в журнале
RNA
, том 27, № 8, с. 907-919
DOI
2021
Enhanced C/EBP binding to G·T mismatches facilitates fixation of CpG mutations in cancer and adult stem cells
Ershova A.S.
,
Eliseeva I.A.
,
Nikonov O.S.
, Fedorova A.D.,
Vorontsov I.E.
,
Papatsenko D.
,
Kulakovskiy I.V.
в журнале
Cell reports
, издательство
Cell Press
(United States)
, том 35, № 10
DOI
2021
Ribo-Seq and RNA-Seq of TMA46 (DFRP1) and GIR2 (DFRP2) knockout yeast strains
Egorov Artyom A.
,
Makeeva Desislava S.
,
Makarova Nadezhda E.
,
Bykov Dmitri A.
,
Hrytseniuk Yanislav S.
,
Mitkevich Olga V.
,
Urakov Valery N.
,
Alexandrov Alexander I.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
в журнале
F1000Research
, том 10, с. 1162
DOI
2020
Brain-related genes are specifically enriched with long phase 1 introns
Baulin Eugene F.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Roytberg Mikhail A.
,
Astakhova Tatiana V.
в журнале
PLoS ONE
, издательство
Public Library of Science
(United States)
, том 15, № 5, с. e0233978-e0233978
DOI
2020
Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study
Ambrosini Giovanna
,
Vorontsov Ilya
,
Penzar Dmitry
,
Groux Romain
,
Fornes Oriol
,
Nikolaeva Daria D.
,
Ballester Benoit
,
Grau Jan
,
Grosse Ivo
,
Makeev Vsevolod
,
Kulakovskiy Ivan
,
Bucher Philipp
в журнале
Genome Biology
, издательство
BioMed Central
(London)
, том 21, № 1
DOI
2020
Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome
Abramov Sergey
,
Boytsov Alexandr
,
Bykova Dariia
,
Penzar Dmitry D.
,
Yevshin Ivan
,
Kolmykov Semyon K.
,
Fridman Marina V.
,
Favorov Alexander V.
,
Vorontsov Ilya E.
,
Baulin Eugene
,
Kolpakov Fedor
,
Makeev Vsevolod J.
,
Kulakovskiy Ivan V.
в журнале
bioRxiv (The preprint server for biology)
DOI
2020
Multifaceted deregulation of gene expression and protein synthesis with age
Anisimova Aleksandra S.
,
Meerson Mark B.
,
Gerashchenko Maxim V.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
,
Gladyshev Vadim N.
в журнале
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
, издательство
National Academy of Sciences
(United States)
, том 117, № 27, с. 15581-15590
DOI
2019
CpG traffic lights are markers of regulatory regions in human genome
Lioznova Anna V.,
Khamis Abdullah M.
,
Artemov Artem V.
,
Besedina Elizaveta
,
Ramensky Vasily
,
Bajic Vladimir B.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Medvedeva Yulia A.
в журнале
BMC Genomics
, издательство
BioMed Central
(London)
, том 20, № 1
2019
Integration of Multiple Epigenomic Marks Improves Prediction of Variant Impact in Saturation Mutagenesis Reporter Assay
Shigaki Dustin
,
Adato Orit
,
Adhikar Aashish N.
,
Dong Shengcheng
,
Hawkins-Hooker Alex
,
Inoue Fumitaka
,
Juven-Gershon Tamar
,
Kenlay Henry
,
Martin Beth
,
Patra Ayoti
,
Penzar Dmitry P.
,
Schubach Max
,
Xiong Chenling
,
Yan Zhongxia
,
Boyle Alan P.
,
Kreimer Anat
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Reid John
,
Unger Ron
,
Yosef Nir
,
Shendure Jay
,
Ahituv Nadav
,
Kircher Martin
,
Beer Michael A.
в журнале
Human Mutation
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, № ja
DOI
2019
Minor C allele of the SNP rs7873784 associated with rheumatoid arthritis and type-2 diabetes mellitus binds PU.1 and enhances TLR4 expression
Korneev Kirill V.
,
Sviriaeva Ekaterina N.
,
Mitkin Nikita A.
,
Gorbacheva Alisa M.
,
Uvarova Aksinya N.
,
Ustiugova Alina S.
,
Polanovsky Oleg L.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Afanasyeva Marina A.
,
Schwartz Anton M.
,
Kuprash Dmitry V.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Basis of Disease
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
DOI
2019
The Reduced Level of Inorganic Polyphosphate Mobilizes Antioxidant and Manganese-Resistance Systems in Saccharomyces cerevisiae
Trilisenko Ludmila
, Zvonarev Anton, Valiakhmetov Airat,
Penin Alexey A.
,
Eliseeva Irina A.
, Ostroumov Vladimir,
Kulakovskiy Ivan V.
, Kulakovskaya Tatiana
в журнале
Cells
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 8, № 5, с. 461
DOI
2019
What Do Neighbors Tell About You: The Local Context of Cis-Regulatory Modules Complicates Prediction of Regulatory Variants
Penzar Dmitry D.
,
Zinkevich Arsenii O.
,
Vorontsov Ilya E.
,
Sitnik Vasily V.
,
Favorov Alexander V.
,
Makeev Vsevolod J.
,
Kulakovskiy Ivan V.
в журнале
Frontiers in genetics
, издательство
Frontiers Research Foundation.
(Lausanne, Switzerland)
, том 10, с. 1078
DOI
2017
The single nucleotide variant rs12722489 determines differential estrogen receptor binding and enhancer properties of an IL2RA intronic region
Afanasyeva Marina A.
,
Putlyaeva Lidia V.
,
Demin Denis E.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Vorontsov Ilya E.
,
Fridman Marina V.
,
Makeev Vsevolod J.
,
Kuprash Dmitry V.
,
Schwartz Anton M.
в журнале
PLoS ONE
, издательство
Public Library of Science
(United States)
, том 12, № 2, с. 0172681
DOI
Статьи в сборниках
2021
Assessing Ribosome Distribution Along Transcripts with Polarity Scores and Regression Slope Estimates
Vorontsov Ilya E.
,
Egorov Artyom A.
,
Anisimova Aleksandra S.
,
Eliseeva Irina A.
,
Makeev Vsevolod J.
,
Gladyshev Vadim N.
,
Dmitriev Sergey E.
,
Kulakovskiy Ivan V.
в сборнике
Methods in Molecular Biology
, издательство
Springer US
(New York, United States)
, том 2248, с. 269-294
DOI
Доклады на конференциях
2022
Белок-кодирующий потенциал повторяющихся элементов генома человека
(Приглашенный)
Авторы:
Егоров А.А.
,
Буян А.И.
,
Гладышев В.Н.
,
Кулаковский И.В.
,
Дмитриев С.Е.
III Всероссийская конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"
, Новосибирск, Россия, 19-24 июня 2022
2021
Ribosome profiling reveals transcriptional and translational changes induces by lifespan-extending interventions in mice
(Стендовый)
Авторы:
Makarova Nadezhda E.
,
Gerashchenko Maxim V.
,
Anisimova Aleksandra S.
,
Egorov Artyom A.
,
Tyshkovskiy Alexander E.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Miller Richard A.
,
Gladyshev Vadim N.
,
Dmitriev Sergey E.
EMBL – Protein Synthesis and Translational Control
, Онлайн, Германия, 7-10 сентября 2021
2021
Protein-coding potential of the human repetitive elements
(Стендовый)
Авторы:
Egorov Artyom A.
,
Buyan Andrey I.
,
Gladyshev Vadim N.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
, Skolkovo Insitute of Science and Technology, Moscow, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
2021
Tissue-specific landscape of translation machinery components
(Стендовый)
Авторы:
Anisimova A.S.
,
Kolyupanova N.M.
,
Makarova N.E.
,
Egorov A.A.
,
Kulakovskiy I.V.
,
Dmitriev S.E.
The 45th FEBS Congress
, Любляна, Словения, 3-8 июля 2021
2021
Enhanced crosslinking and immunoprecipitation (eCLIP) data reveal interactions of RNA binding proteins with the human ribosome
(Стендовый)
Авторы:
Buyan Andrey
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
Криоэлектронная микроскопия 2021: достижения и перспективы (RUSSIAN INTERNATIONAL СONFERENCE ON CRYOELECTRON MICROSCOPY 2021; RICCEM2021)
, Москва, Россия, 30 мая - 2 июня 2021
2021
Анализ данных рибосомного профайлинга выявил проблему общеупотребимой коллекции нокаутных штаммов дрожжей
(Устный)
Авторы:
Дмитриев С.Е.
,
Егоров А.А.
,
Макеева Д.С.
,
Кулаковский И.В.
,
Едакин Р.О.
,
Макарова Н.Е.
,
Кущенко А.С.
,
Волынкина И.А.
Отчётная конференция по гранту РФФИ_Наставник
, НТУ "Сириус", Сочи, Россия, 29 апреля 2021
2020
A standard knockout procedure affects expression of neighboring genes through translational mechanism
(Стендовый)
Авторы:
Egorov Artyom A.
,
Alexandrov Alexander I.
,
Urakov Valeriy N.
,
Kushenko Artyom S.
,
Edakin Roman O.
,
Makeeva Desislava S.
,
Gladyshev Vadim N.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
Translational Control 2020
, Cold Spring Harbor Laboratory, США, 1-4 сентября 2020
2020
Alterations of protein biosynthesis in mice subjected to longevity interventions
(Устный)
Авторы:
Makarova Nadezhda E.
,
Gerashchenko Maxim V.
,
Anisimova Aleksandra S.
,
Egorov Artyom A.
,
Tyshkovskiy Alexander E.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
,
Gladyshev Vadim N.
Translational Control 2020
, Cold Spring Harbor Laboratory, США, 1-4 сентября 2020
2020
Interaction of mRNA binding proteins with the human ribosome revealed by eCLIP data analysis
(Стендовый)
Авторы:
Buyan Andrey I.
,
Makeeva Desislava S.
,
Egorov Artyom A.
,
Gladyshev Vadim N.
,
Kulakovskiy Ivan V.
,
Dmitriev Sergey E.
Translational Control 2020
, Cold Spring Harbor Laboratory, США, 1-4 сентября 2020
2020
AD ASTRA: the database of Allelic Dosage-corrected Allele-Specific TRAnscription factor binding suggests causal regulatory sequence variants of pathologies
(Устный)
Авторы:
Abramov S.
,
Boytsov A.
,
Bykova D.
,
Baulin E.
,
Yevshin I.
,
Kolpakov F.
,
Makeev V.J.
,
Kulakovskiy I.V.
BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
2020
Correction for background allelic dosage highlights widespread allele-specific transcription factor binding and suggests causal variants for phenotypic traits
(Устный)
Авторы:
Abramov S.
,
Boytsov A.
,
Bykova D.
,
Baulin E.
,
Yevshin I.
,
Kolpakov F.
,
Kulakovskiy I.
,
Makeev V.
Human Genome Meeting
, Австралия, 5-8 апреля 2020
2018
An allelic variant of the SNP rs7873784 associated with autoimmune pathologies binds PU.1 and enhances TLR4 expression.
(Стендовый)
Авторы:
Korneev K.
,
Sviriaeva E.
,
Mitkin N.
,
Afanasyeva M.
,
Kuprash D.
,
Ustiugova A.
,
Uvarova A.
,
Kulakovskiy I.
,
Schwartz A.
,
Muratova A.
FEBS 2018
, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
НИРы
27 ноября 2019 - 28 октября 2021
Последствия нарушения работы медицински значимых генов, связанных с биосинтезом белка: анализ на дрожжевых моделях
Отдел взаимодействия вирусов с клеткой
Руководитель:
Дмитриев С.Е.
Ответственный исполнитель:
Макеева Д.С.
Участники НИР:
Волынкина И.А.
,
Егоров А.А.
,
Едакин Р.О.
,
Кулаковский И.В.
,
Кущенко А.С.
,
Макарова Н.Е.
1 января 2017 - 31 декабря 2019
Белковый синтез в старении и контроле продолжительности жизни
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Гладышев В.Н.
Ответственный исполнитель:
Дмитриев С.Е.
Участники НИР:
Александров А.И.
,
Анисимова А.
,
Буян А.И.
,
Быков Д.
,
Волынкина И.А.
,
Гусев Ф.О.
,
Дементьева М.А.
,
Донцова О.А.
,
Егоров А.А.
,
Едакин Р.О.
,
Кармушаков А.Ф.
,
Кинзина Э.Д.
,
Кулаковский И.В.
,
Кущенко А.С.
,
Лашкевич К.А.
,
Макарова Н.Е.
,
Макеева Д.С.
,
Марина В.И.
,
Меерсон М.Б.
,
Меерсон М.Б.
,
Остерман И.А.
,
Савельев Н.В.
,
Сергиев П.В.
,
Тихонов С.А.
,
Тышковский А.Э.
,
Шафиков Р.Р.
,
Шиндяпина А.В.
,
Шубин С.Н.
,
Шубин С.Н.
,
Шубин С.Н.
Руководство дипломными работами
2022
Систематический анализ транслируемых участков в транскриптах мобильных элементов генома человека
Научные руководители:
Дмитриев С.Е.
,
Кулаковский И.В.
,
Макеев В.Ю.
Автор: Егоров Артём Арменович (Магистр)
2020
Молекулярные механизмы ложных генетических взаимодействий в библиотеке нокаутных дрожжевых штаммов
Научные руководители:
Иванов Павел Сергеевич
,
Дмитриев Сергей Евгеньевич
,
Кулаковский Иван Владимирович
Автор: Егоров Артём Арменович (Бакалавр)
2019
Предсказание влияния однонуклеотидных вариантов на экспрессию генов по данным параллельного репортерного анализа
Научные руководители:
Кулаковский И.В.
,
Спирин С.А.
Автор: Пензар Дмитрий Дмитриевич (Специалист)
2018
Метилирование ДНК и альтернативные мотивы сайтов связывания факторов транскрипции у высших эукариот
Научные руководители:
Кулаковский Иван Владимирович
,
Фенюк Борис Александрович
Автор: Беседина Елизавета Генриховна (Специалист)
Руководство курсовыми работами
2022
Оценка разницы в скорости трансляции мРНК разных генов в органах мыши
Научные руководители:
Дмитриев С.Е.
,
Егоров А.А.
,
Кулаковский И.В.
Автор: Салимгареев Руслан Салаватович (Специалист)
Выступление в СМИ
11 июля 2020 г.
Ученые выяснили, как меняется биосинтез белка в органах мышей с возрастом
(indicator.ru)
Авторы (участники):
Алексей Паевский,
Дмитриев Сергей Евгеньевич
,
Анисимова Александра
,
Кулаковский Иван Владимирович
,
Гладышев Вадим Николаевич