ИСТИНА

Кулаковский Иван Владимирович

Соавторы: Makeev V., Vorontsov I.E., Пензар Д.Д., Afanasyeva M., Favorov A., Анисимова А., Баулин Е.Ф., Гладышев В.Н., Дмитриев С.Е., Елисеева И.А., Купраш Д.В., Фридман М.В., Шварц А.М. показать полностью..., Abramov S., Achituv Y., Adhikar A.N., Amato S., Anat -.-., Astakhova T.V., Ballester J.L., Beer M.A., Besedina E.G., Boyd A., Boytsov A., Bucher P., Bykova D., Demin D.E., Dong S., Fornes O., Gerashchenko M.V., Giovanni A.D., Groux R., Hawkins-Hooker A., Inoue F., Jan G., John R.O., Juven-Gershon T., Kenlay H., Kirchner, Kolmykov S.K., Kolpakov F., Martin B., Medvedeva Y., Patra A., Polanovsky O.L., Roytberg M.A., Shendure J., Shigeki N., Sitnik V.V., Trilisenko L.V., Unger R., Xiong C., Yan Z., Yevshin I., Артемов А.В., Бабич А.М., Горбачева А.М., Егоров А.А., Зинкевич А.О., Ивао О.П., Корнеев К.В., Меерсон М.Б., Митькин Н.А., Ни В., Николаева Д.Д., Пенин А.А., Путляева Л.В., Раменский В.Е., Свиряева Е.Н., Субач Ф.В., Уварова А.Н., Устюгова А.С., Хамид Х.

11 статей, 6 докладов на конференциях, 2 НИР, 2 дипломные работы

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 9, Scopus: 8

IstinaResearcherID (IRID): 39521762

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2020 Brain-related genes are specifically enriched with long phase 1 introns
    • Baulin Eugene F., Kulakovskiy Ivan V., Roytberg Mikhail A., Astakhova Tatiana V.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 15, № 5, с. e0233978-e0233978 DOI
  • • 2020 Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study
    • Ambrosini Giovanna, Vorontsov Ilya, Penzar Dmitry, Groux Romain, Fornes Oriol, Nikolaeva Daria D., Ballester Benoit, Grau Jan, Grosse Ivo, Makeev Vsevolod, Kulakovskiy Ivan, Bucher Philipp
    • в журнале Genome Biology, издательство BioMed Central (London), том 21, № 1 DOI
  • 
    • 2020 Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome
    • Abramov Sergey, Boytsov Alexandr, Bykova Dariia, Penzar Dmitry D., Yevshin Ivan, Kolmykov Semyon K., Fridman Marina V., Favorov Alexander V., Vorontsov Ilya E., Baulin Eugene, Kolpakov Fedor, Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале bioRxiv (The preprint server for biology) DOI
  • 
    • 2020 Multifaceted deregulation of gene expression and protein synthesis with age
    • Anisimova Aleksandra S., Meerson Mark B., Gerashchenko Maxim V., Kulakovskiy Ivan V., Dmitriev Sergey E., Gladyshev Vadim N.
    • в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, издательство National Academy of Sciences (United States), том 117, № 27, с. 15581-15590 DOI
  • • 2019 CpG traffic lights are markers of regulatory regions in human genome
    • Lioznova Anna V., Khamis Abdullah M., Artemov Artem V., Besedina Elizaveta, Ramensky Vasily, Bajic Vladimir B., Kulakovskiy Ivan V., Medvedeva Yulia A.
    • в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 20, № 1
  • • 2019 Integration of Multiple Epigenomic Marks Improves Prediction of Variant Impact in Saturation Mutagenesis Reporter Assay
    • Shigaki Dustin, Adato Orit, Adhikar Aashish N., Dong Shengcheng, Hawkins-Hooker Alex, Inoue Fumitaka, Juven-Gershon Tamar, Kenlay Henry, Martin Beth, Patra Ayoti, Penzar Dmitry P., Schubach Max, Xiong Chenling, Yan Zhongxia, Boyle Alan P., Kreimer Anat, Kulakovskiy Ivan V., Reid John, Unger Ron, Yosef Nir, Shendure Jay, Ahituv Nadav, Kircher Martin, Beer Michael A.
    • в журнале Human Mutation, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), № ja DOI
  • • 2019 Minor C allele of the SNP rs7873784 associated with rheumatoid arthritis and type-2 diabetes mellitus binds PU.1 and enhances TLR4 expression
    • Korneev Kirill V., Sviriaeva Ekaterina N., Mitkin Nikita A., Gorbacheva Alisa M., Uvarova Aksinya N., Ustiugova Alina S., Polanovsky Oleg L., Kulakovskiy Ivan V., Afanasyeva Marina A., Schwartz Anton M., Kuprash Dmitry V.
    • в журнале Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Basis of Disease, издательство Elsevier BV (Netherlands) DOI
  • 
    • 2019 The Reduced Level of Inorganic Polyphosphate Mobilizes Antioxidant and Manganese-Resistance Systems in Saccharomyces cerevisiae
    • Trilisenko Ludmila, Zvonarev Anton, Valiakhmetov Airat, Penin Alexey A., Eliseeva Irina A., Ostroumov Vladimir, Kulakovskiy Ivan V., Kulakovskaya Tatiana
    • в журнале Cells, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 8, № 5, с. 461 DOI
  • 
    • 2019 What Do Neighbors Tell About You: The Local Context of Cis-Regulatory Modules Complicates Prediction of Regulatory Variants
    • Penzar Dmitry D., Zinkevich Arsenii O., Vorontsov Ilya E., Sitnik Vasily V., Favorov Alexander V., Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале Frontiers in genetics, издательство Frontiers Research Foundation. (Lausanne, Switzerland), том 10, с. 1078 DOI
  • 
    • 2017 The single nucleotide variant rs12722489 determines differential estrogen receptor binding and enhancer properties of an IL2RA intronic region
    • Afanasyeva Marina A., Putlyaeva Lidia V., Demin Denis E., Kulakovskiy Ivan V., Vorontsov Ilya E., Fridman Marina V., Makeev Vsevolod J., Kuprash Dmitry V., Schwartz Anton M.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 12, № 2, с. 0172681 DOI

• Статьи в сборниках

  • • 2021 Assessing Ribosome Distribution Along Transcripts with Polarity Scores and Regression Slope Estimates
    • Vorontsov Ilya E., Egorov Artyom A., Anisimova Aleksandra S., Eliseeva Irina A., Makeev Vsevolod J., Gladyshev Vadim N., Dmitriev Sergey E., Kulakovskiy Ivan V.
    • в сборнике Methods in Molecular Biology, издательство Springer US (New York, United States), том 2248, с. 269-294 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2020 A standard knockout procedure affects expression of neighboring genes through translational mechanism (Стендовый)
    • Авторы: Egorov Artyom A., Alexandrov Alexander I., Urakov Valeriy N., Kushenko Artyom S., Edakin Roman O., Makeeva Desislava S., Gladyshev Vadim N., Kulakovskiy Ivan V., Dmitriev Sergey E.
    • Translational Control 2020, Cold Spring Harbor Laboratory, США, 1-4 сентября 2020
  • • 2020 Alterations of protein biosynthesis in mice subjected to longevity interventions (Устный)
    • Авторы: Makarova Nadezhda E., Gerashchenko Maxim V., Anisimova Aleksandra S., Egorov Artyom A., Tyshkovskiy Alexander E., Kulakovskiy Ivan V., Dmitriev Sergey E., Gladyshev Vadim N.
    • Translational Control 2020, Cold Spring Harbor Laboratory, США, 1-4 сентября 2020
  • • 2020 Interaction of mRNA binding proteins with the human ribosome revealed by eCLIP data analysis (Стендовый)
    • Авторы: Buyan Andrey I., Makeeva Desislava S., Egorov Artyom A., Gladyshev Vadim N., Kulakovskiy Ivan V., Dmitriev Sergey E.
    • Translational Control 2020, Cold Spring Harbor Laboratory, США, 1-4 сентября 2020
  • • 2020 AD ASTRA: the database of Allelic Dosage-corrected Allele-Specific TRAnscription factor binding suggests causal regulatory sequence variants of pathologies (Устный)
    • Авторы: Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Baulin E., Yevshin I., Kolpakov F., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V.
    • BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
  • • 2020 Correction for background allelic dosage highlights widespread allele-specific transcription factor binding and suggests causal variants for phenotypic traits (Устный)
    • Авторы: Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Baulin E., Yevshin I., Kolpakov F., Kulakovskiy I., Makeev V.
    • Human Genome Meeting, Австралия, 5-8 апреля 2020
  • • 2018 An allelic variant of the SNP rs7873784 associated with autoimmune pathologies binds PU.1 and enhances TLR4 expression. (Стендовый)
    • Авторы: Korneev K., Sviriaeva E., Mitkin N., Afanasyeva M., Muratova A., Ustiugova A., Uvarova A., Kulakovskiy I., Schwartz A., Kuprash D.
    • FEBS 2018, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018

• НИРы

  • • 27 ноября 2019 - 28 октября 2021 Последствия нарушения работы медицински значимых генов, связанных с биосинтезом белка: анализ на дрожжевых моделях
    • Отдел взаимодействия вирусов с клеткой
    • Руководитель: Дмитриев С.Е. Ответственный исполнитель: Макеева Д.С. Участники НИР: Волынкина И.А., Егоров А.А., Едакин Р.О., Кулаковский И.В., Кущенко А.С., Макарова Н.Е.
  • • 1 января 2017 - 31 декабря 2019 Белковый синтез в старении и контроле продолжительности жизни
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Гладышев В.Н. Ответственный исполнитель: Дмитриев С.Е. Участники НИР: Александров А.И., Анисимова А., Буян А.И., Быков Д.А., Волынкина И.А., Гусев Ф.О., Дементьева М.А., Донцова О.А., Егоров А.А., Едакин Р.О., Кармушаков А.Ф., Кинзина Э.Д., Кулаковский И.В., Кущенко А.С., Лашкевич К.А., Макарова Н.Е., Макеева Д.С., Марина В.И., Меерсон М.Б., Меерсон М.Б., Остерман И.А., Савельев Н.В., Сергиев П.В., Тихонов С.А., Тышковский А.Э., Шафиков Р.Р., Шиндяпина А.В., Шубин С.Н., Шубин С.Н., Шубин С.Н.

• Руководство дипломными работами

  • • 2020 Молекулярные механизмы ложных генетических взаимодействий в библиотеке нокаутных дрожжевых штаммов
    • Научные руководители: Иванов Павел Сергеевич, Дмитриев Сергей Евгеньевич, Кулаковский Иван Владимирович
    • Автор: Егоров Артём Арменович (Бакалавр)
  • • 2018 Метилирование ДНК и альтернативные мотивы сайтов связывания факторов транскрипции у высших эукариот
    • Научные руководители: Кулаковский Иван Владимирович, Фенюк Борис Александрович
    • Автор: Беседина Елизавета Генриховна (Специалист)