ИСТИНА

Пензар Дмитрий Дмитриевич пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики, преподаватель, с 1 октября 2019, по совместительству

Соавторы: Makeev V., Vorontsov I.E., Буздин А.А., Кулаковский И.В., Favorov A., Гаража А.В., Никитин Д.М., Сорокин М.И., Баулин Е.Ф., Гайфуллин Н.М., Зинкевич А.О., Кривозубов М.С., Марков А.В. показать полностью..., Полторак А.Н., Спирин С.А., Фридман М.В., Abramov S., Achituv Y., Adhikar A.N., Amato S., Anat -.-., Baker S.C., Ballester J.L., Baric R.S., Beer M.A., Boyd A., Boytsov A., Bucher P., Bykova D., Bykova D., Dong S., Drosten C., Fornes O., Giovanni A.D., Groux R., Gulyaeva A.A., Haagmans B.L., Hawkins-Hooker A., Inoue F., Isabel P., Jan G., John R.O., Juven-Gershon T., Kenlay H., Kirchner, Kolmykov S.K., Kolpakov F., Kolpakov F.A., Kulakovskiy I.V., Lauber C., Levshin I.B., Martin B., Patra A., Perlman S., Popov A.A., Selifanova M.V., Shendure J., Shigeki N., Sidorov I.A., Sitnik V.V., Unger R., Viruses Coronaviridae Study Group of the International Committee on T.o., Xiong C., Yan Z., Yevshin I., Ziebuhr J., de Groot R.J., Абрамов С.С., Борцов А.А., Горбаленя А.Е., Ивао О.П., Иголкина А.Е., Калмыков С.А., Карандашова С., Леонтович А.М., Ни В., Никитин Д.М., Николаева Д.С., Николаева Д.Д., Полторак А.А., Прасолов В.С., Самборский Д.В., Субач Ф.В., Ткачёв В.С.

11 статей, 4 доклада на конференциях, 1 тезисы доклада, 1 НИР, 2 курсовые работы, 5 учебных курсов

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 15, Scopus: 9

IstinaResearcherID (IRID): 189298925

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2021 Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome
    • Abramov Sergey, Boytsov Alexandr, Bykova Daria, Penzar Dmitry D., Yevshin Ivan, Kolmykov Semyon K., Fridman Marina V., Favorov Alexander V., Vorontsov Ilya E., Baulin Eugene, Kolpakov Fedor, Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), том 12, № 1 DOI
  • • 2020 Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study
    • Ambrosini Giovanna, Vorontsov Ilya, Penzar Dmitry, Groux Romain, Fornes Oriol, Nikolaeva Daria D., Ballester Benoit, Grau Jan, Grosse Ivo, Makeev Vsevolod, Kulakovskiy Ivan, Bucher Philipp
    • в журнале Genome Biology, издательство BioMed Central (London), том 21, № 1 DOI
  • 
    • 2020 Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome
    • Abramov Sergey, Boytsov Alexandr, Bykova Dariia, Penzar Dmitry D., Yevshin Ivan, Kolmykov Semyon K., Fridman Marina V., Favorov Alexander V., Vorontsov Ilya E., Baulin Eugene, Kolpakov Fedor, Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале bioRxiv (The preprint server for biology) DOI
  • • 2020 The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2
    • Gorbalenya Alexander E., Baker Susan C., Baric Ralph S., de Groot Raoul J., Drosten Christian, Gulyaeva Anastasia A., Haagmans Bart L., Lauber Chris, Leontovich Andrey M., Neuman Benjamin W., Penzar Dmitry, Perlman Stanley, Poon Leo L.M., Samborskiy Dmitry V., Sidorov Igor A., Sola Isabel, Ziebuhr John, Viruses Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of
    • в журнале NATURE MICROBIOLOGY DOI
  • 
    • 2019 Correction: Nikitin, D., et al. Retroelement—Linked Transcription Factor Binding Patterns Point to Quickly Developing Molecular Pathways in Human Evolution
    • Daniil Nikitin, Andrew Garazha, Maxim Sorokin, Dmitry Penzar, Victor Tkachev, Alexander Markov, Nurshat Gaifullin, Pieter Borger, Alexander Poltorak, Anton Buzdin
    • в журнале Cells, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 8, № 8, с. 130 DOI
  • • 2019 H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 and H3K9me3 Histone Tags Suggest Distinct Regulatory Evolution of Open and Condensed Chromatin Landmarks
    • Igolkina Anna A., Zinkevich Arsenii, Karandasheva Kristina O., Popov Aleksey A., Selifanova Maria V., Nikolaeva Daria, Tkachev Victor, Penzar Dmitry, Nikitin Daniil M., Buzdin Anton
    • в журнале Cells, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 8, № 9 DOI
  • • 2019 Integration of Multiple Epigenomic Marks Improves Prediction of Variant Impact in Saturation Mutagenesis Reporter Assay
    • Shigaki Dustin, Adato Orit, Adhikar Aashish N., Dong Shengcheng, Hawkins-Hooker Alex, Inoue Fumitaka, Juven-Gershon Tamar, Kenlay Henry, Martin Beth, Patra Ayoti, Penzar Dmitry P., Schubach Max, Xiong Chenling, Yan Zhongxia, Boyle Alan P., Kreimer Anat, Kulakovskiy Ivan V., Reid John, Unger Ron, Yosef Nir, Shendure Jay, Ahituv Nadav, Kircher Martin, Beer Michael A.
    • в журнале Human Mutation, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), № ja DOI
  • 
    • 2019 Retroelement—Linked Transcription Factor Binding Patterns Point to Quickly Developing Molecular Pathways in Human Evolution
    • Nikitin Daniil, Garazha Andrew, Sorokin Maxim, Penzar Dmitry, Tkachev Victor, Markov Alexander, Gaifullin Nurshat, Borger Pieter, Poltorak Alexander, Buzdin Anton
    • в журнале Cells, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 8, № 2, с. 130 DOI
  • 
    • 2019 What Do Neighbors Tell About You: The Local Context of Cis-Regulatory Modules Complicates Prediction of Regulatory Variants
    • Penzar Dmitry D., Zinkevich Arsenii O., Vorontsov Ilya E., Sitnik Vasily V., Favorov Alexander V., Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале Frontiers in genetics, издательство Frontiers Research Foundation. (Lausanne, Switzerland), том 10, с. 1078 DOI
  • 
    • 2018 PQ, a new program for phylogeny reconstruction
    • Dmitry Penzar, Mikhail Krivozubov, Sergey Spirin
    • в журнале BMC Bioinformatics, издательство BioMed Central (London), том 19, с. 374 DOI
  • 
    • 2018 Profiling of Human Molecular Pathways Affected by Retrotransposons at the Level of Regulation by Transcription Factor Proteins
    • Nikitin Daniil, Penzar Dmitry, Garazha Andrew, Sorokin Maxim, Tkachev Victor, Borisov Nicolas, Poltorak Alexander, Prassolov Vladimir, Buzdin Anton A.
    • в журнале Frontiers in immunology, издательство Frontiers Research Foundation] ([Lausanne, Switzerland), том 9 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2021 PhyloBench, a benchmark for evaluation of phylogenetic programs (Стендовый)
    • Авторы: Efremov Alexei, Sigorskih Andrey, Penzar Dmitry, Karyagina Anna, Spirin Sergey
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 30 июля - 2 августа 2021, Skolkovo Insitute of Science and Technology, Moscow, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
  • • 2020 IndiForest: machine learning on indicators and ranks for cancer diagnosis (Стендовый)
    • Авторы: Guryleva Mariia V., Penzar Dmitry, Sergeeva Marina G., Favorov Alexander V.
    • German Conference on Bioinformatics (GCB) 2020, Heidelberg, Германия, 16-19 сентября 2020
  • • 2017 Comparative analysis of bootstrap and jackknife methods in the programs of phylogenetic reconstruction (Стендовый)
    • Авторы: Penzar D.D., Spirin S.A.
    • 25th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 16th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2017), Прага, Чехия, 21-25 июля 2017
  • • 2016 PQ, a new character-based program for phylogenetic reconstruction (Стендовый)
    • Авторы: Пензар Д.Д., Кривозубов М.С., Спирин С.А.
    • 15th European Conference on Computational Biology (ECCB'16), г. Гаага, Нидерланды, 3-7 сентября 2016

• Тезисы докладов

  • • 2016 PQ, a new character-based program for phylogenetic reconstruction
    • Penzar D., Krivozubov M., Spirin S.
    • в сборнике F1000Research, том 5, тезисы, с. 2178 DOI

• НИРы

  • • 16 мая 2016 - 31 декабря 2018 Молекулярная эволюция генов, систем генов и геномов: новые методы и их применение
    • Отдел математических методов в биологии
    • Руководитель: Алексеевский А.В. Ответственные исполнители: Карягина-Жулина А.С., Русинов И.С., Спирин С.А. Участники НИР: Аксянов Е.А., Безсуднова О.И., Ершова А.С., Мошенский Д.М., Пензар Д.Д., Сигорских А.И., Смиренина Л.К., Хачатурян М.А., Хачатурян М.А.

• Руководство курсовыми работами

  • • 2021 Графовый подход для анализа РНК-ДНК интерактома
    • Научные руководители: Миронов Андрей Александрович, Жарикова Анастасия Александровна, Пензар Дмитрий Дмитриевич
    • Автор: Козюлина Светлана Вадимовна (Специалист)
  • • 2020 Разработка метода автоматического анализа мазков крови
    • Научные руководители: Алексеевский А.В., Шеваль Е.В., Пензар Д.Д.
    • Автор: Волобуева М.Е. (Специалист)

• Авторство учебных курсов

  • • 2021 Нейронные сети и их применение в научных исследованиях
    • Авторы: Елизаров С.Г., Запуниди С.А., Ганичев А.А., Пославский А.В., Пензар Д.Д., Дюгай И.А., Маракулин А.П.
  • • 2020 Практическая информатика
    • Авторы: Спирин С.А., Алексеевский А.В., Русинов И.С., Исаев С., Пензар Д.Д., Зинкевич А.О.
  • • 2017 Информатика (Введение в Python)
    • Авторы: Червонцева З., Пензар Д., Кудрин Р., Галицына А.

• Преподавание учебных курсов

  • • 7 февраля 2020 - 15 июня 2020 Введение в математическую статистику
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • обязательная, базовой части, семинары, 28 часов
  • • 1 сентября 2018 - 30 декабря 2019 Язык R и его применение в биоинформатике
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • обязательная, базовой части, лекции, 24 часов