Статьи в журналах
Статьи в сборниках
Тезисы докладов
Доклады на научных конференциях
НИР и НИОКР
Награды и премии
Членство в научных обществах
Диссертации
Руководство дипломными работами
Выступления в СМИ
–
Статьи в журналах
-
- 2023 Database of Intermediates of Enzyme-Catalyzed Chemical Reactions ENIAD
- Moskovsky A.A., Firsov D.A., Khrenova M.G., Mironov V.A., Mulashkina T.I., Kulakova A.M., Nemukhin A.V.
- в журнале Russian Journal of Physical Chemistry A, издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 97, № 9, с. 2001-2005 DOI
-
- 2023 База данных интермедиатов химических реакций ферментативного катализа ENIAD
- Московский А.А., Фирсов Д.А., Хренова М.Г., Миронов В.А., Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Немухин А.В.
- в журнале Журнал физической химии, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 97, № 9, с. 1324-1328 DOI
-
- 2022 Structure and Interaction Based Design of Anti-SARS-CoV-2 Aptamers
- Mironov Vladimir, Shchugoreva Irina A., Artyushenko Polina V., Morozov Dmitry, Borbone Nicola, Oliviero Giorgia, Zamay Tatiana N., Moryachkov Roman V., Kolovskaya Olga S., Lukyanenko Kirill A., Song Yangling, Merkuleva Iuliia A., Zabluda Vladimir N., Peters Georgy, Koroleva Lyudmila S., Veprintsev Dmitry V., Glazyrin Yury E., Volosnikova Ekaterina A., Belenkaya Svetlana V., Esina Tatiana I., Isaeva Anastasiya A., Nesmeyanova Valentina S., Shanshin Daniil V., Berlina Anna N., Komova Nadezhda S., Svetlichnyi Valery A., Silnikov Vladimir N., Shcherbakov Dmitriy N., Zamay Galina S., Zamay Sergey S., Smolyarova Tatyana, Tikhonova Elena P., Chen Kelvin H.C., Jeng U-Ser, Condorelli Gerolama, de Franciscis Vittorio, Groenhof Gerrit, Yang Chaoyong, Moskovsky Alexander A., Fedorov Dmitri G., Tomilin Felix N., Tan Weihong, Alexeev Yuri, Berezovski Maxim V., Kichkailo Anna S.
- в журнале Chemistry - A European Journal, издательство John Wiley & Sons Ltd. (United Kingdom) DOI
-
- 2021 The role of SAXS and molecular simulations in 3D structure elucidation of a DNA aptamer against lung cancer
- Morozov Dmitry, Mironov Vladimir, Moryachkov Roman V., Shchugoreva Irina A., Artyushenko Polina V., Zamay Galina S., Kolovskaya Olga S., Zamay Tatiana N., Krat Alexey V., Molodenskiy Dmitry S., Zabluda Vladimir N., Veprintsev Dmitry V., Sokolov Alexey E., Zukov Ruslan A., Berezovski Maxim V., Tomilin Felix N., Fedorov Dmitri G., Alexeev Yuri, Kichkailo Anna S.
- в журнале Molecular therapy. Nucleic acids, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 25, с. 316-327 DOI
-
- 2021 Computational approach to design of aptamers to the receptor binding domain of SARS-CoV-2
- Artyushenko Polina V., Mironov Vladimir A., Morozov Dmitry I., Shchugoreva Irina A., Borbone Nicola, Tomilin Felix N., Kichkailo Anna
- в журнале Сибирское медицинское обозрение, издательство Красноярский государственный медицинский университет им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого (Красноярск), № 2, с. 66-67 DOI
-
- 2021 Applying joint theoretical experimental research to aptamer modeling
- Shchugoreva Irina A., Artyushenko Polina V., Tomilin Felix N., Morozov Dmitry I., Mironov Vladimir A., Moryachkov Roman V., Kichkailo Anna
- в журнале Сибирское медицинское обозрение, издательство Красноярский государственный медицинский университет им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого (Красноярск), № 2, с. 105-106 DOI
-
- 2021 Luminescent Zero-Dimensional Hybrid Lead Thiohalide Nanostructures for High Quantum Yield and Broadband Excitation
- Golovnev Nicolay N., Aleksandrovsky Aleksandr S., Gerasimova Marina A., Tomilin Felix N., Mironov Vladimir A., Demina Anastasia V., Xia Zhiguo, Molokeev Maxim S.
- в журнале ACS Applied Nano Materials, издательство American Chemical Society (United States), том 4, № 4, с. 3654-3663 DOI
-
- 2020 Recent developments in the general atomic and molecular electronic structure system
- Barca Giuseppe M.J., Bertoni Colleen, Carrington Laura, Datta Dipayan, Silva Nuwan De, Emiliano Deustua J., Fedorov Dmitri G., Gour Jeffrey R., Gunina Anastasia O., Guidez Emilie, Harville Taylor, Irle Stephan, Ivanic Joe, Kowalski Karol, Leang Sarom S., Hui Li, Wei Li, Lutz Jesse J., Magoulas Ilias, Mato Joani, Mironov Vladimir, Nakata Hiroya, Pham Buu Q., Piecuch Piotr, Poole David, Pruitt Spencer R., Rendell Alistair P., Roskop Luke B., Ruedenberg Klaus, Sattasathuchana Tosaporn, Schmidt Michael W., Shen Jun, Slipchenko Lyudmila, Sosonkina Masha, Sundriyal Vaibhav, Tiwari Ananta, Vallejo Jorge L.Galvez, Westheimer Bryce, Włoch Marta, Peng Xu, Zahariev Federico, Gordon Mark S.
- в журнале Journal of Chemical Physics, издательство AIP Publishing (United States), том 152, № 15, с. 154102 DOI
-
- 2019 3-D electronic density maps for enzyme reaction intermediates: big data and high performance computing services in a virtualized environment
- Brekhov Anton, Mironov Vladimir, Moskovsky Alexander, Podgainiy Dmitry, Streltsova Oksana, Delyakov Dmitry
- в журнале Journal of Physics: Conference Series, издательство IOP Publishing ([Bristol, UK], England), том 1392, с. 012049 DOI
-
- 2019 Molecular Electrostatic Potential and Electron Density of Large Systems in Solution Computed With the Fragment Molecular Orbital Method
- Fedorov Dmitri G., Brekhov Anton, Mironov Vladimir A., Alexeev Yuri
- в журнале The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols, издательство American Chemical Society (United States), том 123, № 29, с. 6281-6290 DOI
-
- 2019 Multithreaded parallelization of the energy and analytic gradient in the fragment molecular orbital method
- Mironov Vladimir, Alexeev Yuri, Fedorov Dmitri G.
- в журнале International Journal of Quantum Chemistry, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 119, № 12, с. e25937 DOI
-
- 2019 A systematic study of minima in alanine dipeptide
- Mironov Vladimir, Alexeev Yuri, Mulligan Vikram Khipple, Fedorov Dmitri G.
- в журнале Journal of Computational Chemistry, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 40, № 2, с. 297-309 DOI
-
-
- 2018 Modeling structure and excitation of biliverdin-binding domains in infrared fluorescent proteins
- Polyakov Igor V., Grigorenko Bella L., Mironov Vladimir A., Nemukhin Alexander V.
- в журнале Chemical Physics Letters, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 710, с. 59-63 DOI
-
- 2017 An efficient MPI/OpenMP parallelization of the Hartree–Fock–Roothaan method for the first generation of Intel Xeon Phi processor architecture
- Mironov Vladimir, Moskovsky Alexander, D’Mello Michael, Alexeev Yuri
- в журнале International Journal of High Performance Computing Applications, издательство SAGE Publications (United States) DOI
-
- 2016 Server Level Liquid Cooling: Do Higher System Temperatures Improve Energy Efficiency?
- Moskovsky A., Druzhinin E., Shmelev A., Mironov V., Semin A.
- в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 3, № 1, с. 67-74 DOI
-
- 2016 Особенности расчетов профилей свободной энергии ферментативных реакций: Гидролиз гуанозинтрифосфата белковым комплексом Ras-GAP
- Миронов В.А., Лычко Л.А., Хренова М.Г.
- в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 57, № 5, с. 1-4
-
- 2015 Why does mutation of Gln61 in Ras by the nitro analog NGln maintain activity of Ras-GAP in hydrolysis of guanosine triphosphate?
- Khrenova Maria G., Grigorenko Bella L., Mironov Vladimir A., Nemukhin Alexander V.
- в журнале Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, издательство Wiley-Liss Inc (United States), том 83, № 11, с. 2091-2099 DOI
-
- 2015 Computational characterization of the chemical step in the GTP hydrolysis by Ras-GAP for the wild-type and G13V mutated Ras
- Mironov Vladimir A., Khrenova Maria G., Lychko Leonora A., Nemukhin Alexander V.
- в журнале Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, издательство Wiley-Liss Inc (United States), том 83, № 6, с. 1046-1053 DOI
-
- 2014 Механизм фотореакции в бактериальном рецепторе синего света BLUF по результатам моделирования методом метадинамики
- Хренова М.Г., Никифоров А.А., Андрийченко Н.Н., Миронов В.А., Немухин А.В.
- в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 55, № 4, с. 195-198
-
- 2014 The photoreaction mechanism in the bacterial blue light receptor BLUF according to metadynamics modeling
- Khrenova M.G., Nikiforov A.A., Andrijchenko N.N., Mironov V.A., Nemukhin A.V.
- в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 69, № 4, с. 149-151 DOI
-
- 2014 On the Role of Zwitterions in Kindling Fluorescent Protein Photochemistry
- Mironov Vladimir A., Bravaya Ksenia B., Nemukhin Alexander V.
- в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States) DOI
-
- 2014 Modeling the role of G12V and G13V Ras mutations in the RasGAP-catalyzed hydrolysis reaction of guanosine triphosphate
- Khrenova Maria G., Mironov Vladimir A., Grigorenko Bella L., Nemukhin Alexander V.
- в журнале Biochemistry, издательство American Chemical Society (United States), том 53, № 45, с. 7093-7099 DOI
-
- 2013 Thermal Isomerization of the Chromoprotein asFP595 and Its Kindling Mutant A143G: QM/MM Molecular Dynamics Simulations
- Mironov Vladimir A., Khrenova Maria G., Grigorenko Bella L., Savitsky Alexander P., Nemukhin Alexander V.
- в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 117, № 43, с. 13507-13514 DOI
-
- 2012 Exploring Structural and Optical Properties of Fluorescent Proteins by Squeezing: Modeling High-Pressure Effects on the mStrawberry and mCherry Red Fluorescent Proteins
- Laurent Adele D., Mironov Vladimir A., Chapagain Prem P., Nemukhin Alexander V., Krylov Anna I.
- в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 116, № 41, с. 12426-12440 DOI
-
- 2012 Modeling absorption of the kindling fluorescent protein with the neutral form of the chromophore
- Topol Igor, Collins Jack, Mironov Vladimir, Savitsky Alexander, Nemukhin Alexander
- в журнале International Journal of Quantum Chemistry, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 112, № 17, с. 2947-2959 DOI
-
- 2011 The origin of radiationless conversion of the excited state in the kindling fluorescent protein (KFP): femtosecond studies and quantum modeling
- Shelaev I., Mironov Vladimir A., Rusanov A., Gostev F., Bochenkova A., Sarkisov O., Nemukhin A., Savitsky A.
- в журнале Laser Physics Letters, издательство Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA (Germany), том 8, № 6, с. 469-474 DOI
-
- 2011 Conformational Partitioning in pH-Induced Fluorescence of the Kindling Fluorescent Protein (KFP)
- Rusanov Alexander L., Mironov Vladimir A., Goryashenko Alexander S., Grigorenko Bella L., Nemukhin Alexander V., Savitsky Alexander P.
- в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 115, № 29, с. 9195-9201 DOI
Статьи в сборниках
-
- 2021 Multi-Level Parallelization of the Fragment Molecular Orbital Method in GAMESS
- Mironov Vladimir A., Alexeev Yuri, Fedorov Dmitri G., Umeda Hiroaki, Pruitt Spencer, Gaenko Alexander, Gordon Mark S.
- в сборнике Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method, издательство Springer Singapore (Singapore), с. 601-616 DOI
-
- 2020 Computational Methods for Biochemical Simulations Implemented in GAMESS
- Fedorov Dmitri G., Hui Li, Mironov Vladimir, Alexeev Yuri
- в сборнике Quantum Mechanics in Drug Discovery, серия Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols), место издания Springer US Humana, New York, NY, том 2114, с. 123-142 DOI
-
- 2019 The Parallel Hydrodynamic Code for Astrophysical Flow with Stellar Equations of State
- Kulikov Igor, Chernykh Igor, Vshivkov Vitaly, Prigarin Vladimir, Mironov Vladimir, Tutukov Alexander
- в сборнике Supercomputing, серия Communications in Computer and Information Science (CCIS), место издания Springer International Berlin, том 965, с. 414-426 DOI
-
- 2017 Зеленый флуоресцентный белок: от рождения до смерти
- Григоренко Б.Л., Поляков И.В., Миронов В.А., Немухин А.В.
- в сборнике Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности / Под редакцией: академика В.А. Садовничего, академика Г.И. Савина, чл.-корр. РАН Вл.В. Воеводина, серия Суперкомпьютерное образование, место издания Издательство Московского университета Москва, том 7, с. 33-44
-
- 2017 An Efficient MPI/openMP Parallelization of the Hartree-Fock Method for the Second Generation of Intel Xeon Phi Processor
- Mironov Vladimir, Alexeev Yuri, Keipert Kristopher, D’mello Michael, Moskovsky Alexander, Gordon Mark S.
- в сборнике Proceedings of the International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis, серия SC’17, место издания ACM New York, NY, USA, с. 39:1-39:12 DOI
Тезисы докладов
-
- 2019 Evaluation of Intel Memory Drive Technology Performance for Computational Astrophysics
- Chernykh Igor, Mironov Vladimir, Kudryavtsev Andrey, Kulikov Igor
- в сборнике Supercomputing. RuSCDays 2019, серия Communications in Computer and Information Science (CCIS), место издания Springer Cham, Switzerland, том 1128, тезисы, с. 563-572 DOI
-
- 2019 Performance Evaluation of the Intel Optane DC Memory With Scientific Benchmarks
- Vladimir Mironov, Igor Chernykh, Igor Kulikov, Alexander Moskovsky, Evgeny Epifanovsky, Andrey Kudryavtsev
- в сборнике Proceedings of 2019 IEEE/ACM Workshop on Memory Centric High Performance Computing (MCHPC), тезисы, с. 1-6 DOI
-
- 2019 Молекулярное моделирование ковалентного связывания биливердина в белке miRFP670
- Кулакова А.М., Григоренко Б.Л., Миронов В.А., Хренова М.Г.
- в сборнике Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"", место издания ISBN 978-5-4465-2339-9, тезисы, с. 24-25
-
- 2019 От молекулярного моделирования механизмов ферментативных реакций до стационарной кинетики Михаэлиса-Ментен
- Хренова М.Г., Миронов В.А., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
- в сборнике Сборник тезисов Всероссийская конференция "Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем", серия ISBN 978-5-6041187-6-4, тезисы, с. 80-80
-
- 2018 The Parallel Hydrodynamic Code for Astrophysical Flow with Stellar Equations of State
- Igor Kulikov, Igor Chernykh, Vitaly Vshivkov, Vladimir Prigarin, Vladimir Mironov, Alexander Tutukov
- в сборнике Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (24-25 сентября 2018 г., г. Москва), место издания М.: Изд-во МГУ, тезисы, с. 612-624
-
- 2018 Evaluation of Intel Memory Drive Technology Performance for Scientific Applications
- Mironov Vladimir, Kudryavtsev Andrey, Alexeev Yuri, Moskovsky Alexander, Kulikov Igor, Chernykh Igor
- в сборнике Proceedings of the Workshop on Memory Centric High Performance Computing, серия MCHPC’18, место издания ACM New York, NY, USA, тезисы, с. 14-21 DOI
-
-
- 2017 Power Measurements of Hartree-Fock Algorithms Using Different Storage Devices
- Mironov Vladimir, Moskovsky Alexander, Alexeev Yuri
- в сборнике 2017 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), место издания IEEE, тезисы, с. 1004-1011 DOI
-
-
- 2015 On Quantum Chemistry Code Adaptation for RSC PetaStream Architecture
- Mironov Vladimir, Khrenova Maria, Moskovsky Alexander
- в сборнике High Performance Computing, серия Lecture Notes in Computer Science, место издания Springer International Publishing, том 9137, тезисы, с. 113-121 DOI
-
- 2014 The Performance Characterization of the RSC PetaStream Module
- Semin Andrey, Druzhinin Egor, Mironov Vladimir, Shmelev Alexey, Moskovsky Alexander
- в сборнике Supercomputing, серия Lecture Notes in Computer Science, место издания Springer International Publishing, том 8488, тезисы, с. 420-429 DOI
-
- 2012 Fluorescent properties of the kindling fluorescent protein (KFP) at acidic pH values
- Goryashchenko A.S., Rusanov A.L., Mironov V.A., Nemukhin A.V., Savitsky A.P.
- в сборнике Proceedings of the International Conference on Advanced Laser Technologies, место издания Open Publishing Bern, том 1, тезисы DOI
Доклады на научных конференциях
-
- 2021 Open Quantum Project (Приглашенный)
- Автор: Mironov Vladimir
- NHISS2021: Light-Matter Interaction: Theory meets Experiment, Jeju, Korea, Republic of, 22-25 ноября 2021
-
- 2021 Applying joint theoretical-experimental research to aptamer modeling (Устный)
- Авторы: Щугорева Ирина Андреевна, Морозов Дмитрий Иванович, Миронов Владимир Андреевич
- Цифровые управляемые лекарства на стыке наук, г. Красноярск, Россия, Russia, 18 марта 2021
-
- 2021 Computional approach to design of aptamers to the receptor-binding domain of SARS-COV-2 (Устный)
- Авторы: Артюшенко Полина Владимировна, Миронов Владимир Андреевич, Nicola Borbone, Морозов Дмитрий Иванович
- Цифровые управляемые лекарства на стыке наук, г. Красноярск, Россия, Russia, 18 марта 2021
-
- 2019 MPI+OpenMP Paralelization of Density Functional Theory Method in GAMESS (Стендовый)
- Авторы: Vladimir Mironov, Yuri Alexeev, Fedorov Dmitri G.
- SC19: The International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis, Denver (CO), United States, 17-22 ноября 2019
-
- 2019 Опыт быстрого развертывания облачной вычислительной среды для обработки научных данных (Стендовый)
- Авторы: Московский А.A., Миронов В.А., Брехов А.Т., Хренова М.Г., Поляков И.В., Фирсов Д.А., Немухин А.В., Подгайный Д.В., Стрельцова О.И.
- Russian Supercomputing Days, Москва, Russia, 23-24 сентября 2019
-
- 2019 Молекулярное моделирование ковалентного связывания биливердина в белке miRFP670 (Стендовый)
- Авторы: Миронов В.А., Хренова М.Г., Кулакова А.М., Григоренко Б.Л.
- I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента", Черноголовка, Russia, 16-20 июня 2019
-
- 2019 От молекулярного моделирования механизмов ферментативных реакций до стационарной кинетики Михаэлиса-Ментен (Устный)
- Авторы: Хренова М.Г., Миронов В.А., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
- «Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019), Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Russia, 13-17 мая 2019
-
- 2018 MPI/OpenMP Parallelization of the Fragment Molecular Orbital Method in GAMESS (Стендовый)
- Авторы: Vladimir Mironov, Yuri Alexeev, Fedorov Dmitri G.
- SC18: The International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis, Dallas (TX), United States, 11-16 ноября 2018
-
- 2018 Суперкомпьютерное моделирование структуры и спектров фитохромов (Стендовый)
- Авторы: Поляков Игорь Вадимович, Миронов Владимир Александрович, Московский Александр Александрович, Григоренко Белла Людвиговна, Немухин Александр Владимирович
- Суперкомпьютерные дни в России, Москва, Russia, 24-25 сентября 2018
-
- 2018 The Parallel Hydrodynamic Code for Astrophysical Flow with Stellar Equations of State (Устный)
- Авторы: Igor Chernykh, Igor Kulikov, Vitaly Vshivkov, Vladimir Prigarin, Vladimir Mironov, Alexander Tutukov
- Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2018", Москва, Russia, 24-25 сентября 2018
-
- 2018 PaSTRI: Error-Bounded Lossy Compression for Two-Electron Integrals in Quantum Chemistry (Устный)
- Авторы: Ali Murat Gok, Sheng Di, Yuri Alexeev, Franck Cappello, Vladimir Mironov, Xin Liang, Dingwen Tao
- IEEE International Conference on Cluster Computing 2018 (CLUSTER'18), Belfast, United Kingdom, 10-13 сентября 2018
-
- 2017 PaSTRI: A Novel Data Compression Algorithm for Two-Electron Integrals in Quantum Chemistry (Стендовый)
- Авторы: Franck Cappello, Ali Murat Gok, Dingwen Tao, Sheng Di, Vladimir Mironov, Yuri Alexeev
- SC17: International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis, Denver, CO, United States, 12-17 ноября 2017
-
- 2017 An efficient MPI/OpenMP parallelization of the Hartree-Fock method for the second generation of Intel Xeon Phi processor (Устный)
- Авторы: Vladimir Mironov, Yuri Alexeev, Gordon Mark S., Michael D'mello, Alexander Moskovsky, Kristopher Keipert
- SC17: International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis, Denver, CO, United States, 12-17 ноября 2017
-
- 2017 Benefits of Intel Memory Drive Technology for Scientific Applications (Устный)
- Авторы: Vladimir Mironov, Yuri Alexeev, Andrey Kudryavtsev, Igor Chernykh
- Intel HPC Developer Conference 2017, Denver, CO, United States, 11-12 ноября 2017
-
- 2017 Введение в вычислительную химию и параллельные вычисления. Практические применения для больших молекулярных систем (Приглашенный)
- Авторы: Миронов В.А., Поляков И.В.
- Летняя школа «Высокопроизводительные вычисления в химии», Новосибирск, Russia, 27-28 июня 2017
-
- 2017 Введение в вычислительную химию и параллельные вычисления. Теоретические аспекты. (Приглашенный)
- Авторы: Миронов В.А., Поляков И.В.
- Летняя школа «Высокопроизводительные вычисления в химии», Новосибирск, Russia, 27-28 июня 2017
-
- 2017 Optimization of Special Functions for Quantum Chemistry (Стендовый)
- Авторы: Mironov V.A., Moskovsky A.A.
- ISC High Performance 2017, Франкфурт-на-Майне, Germany, 18-22 июня 2017
-
- 2017 Квантовая химия - от основ к практическим высокопроизводительным вычислениям на базе программного пакета GAMESS (US) (Приглашенный)
- Авторы: Поляков И.В., Миронов В.А., Московский А.А.
- Intel IXPUG/RU 2017, Российская академия наук. г. Москва, Ленинский проспект 32А, Russia, 1-2 июня 2017
-
- 2017 Power Measurements of Hartree-Fock Algorithms Using Different Storage Devices (Устный)
- Авторы: Vladimir Mironov, Alexander Moskovsky, Yuri Alexeev
- HPPAC: 13th Workshop on High-Performance, Power-Aware Computing, Orlando, Florida, United States, 29 мая 2017
-
- 2017 Special functions in quantum chemistry (Устный)
- Авторы: Alexander Moskovsky, Vladimir Mironov
- IXPUG Annual Spring Conference 2017, Cambridge, United Kingdom, 10-13 апреля 2017
-
- 2016 Quantum chemistry code optimization for Intel MIC architecture (Приглашенный)
- Автор: Vladimir Mironov
- Intel HPC DevCon 2016 India, Hyderabad, India, 16-17 декабря 2016
-
- 2016 Особенности переноса и применения пакета GAMESS (US) на Intel® Xeon Phi™ (Устный)
- Автор: Владимир Миронов
- Работа реальных приложений на процессоре Intel® Xeon Phi™ 7200: подход, опыт и результаты, Москва, Russia, 26 сентября 2016
-
- 2016 Efficient MPI/OpenMP Parallelization of the Hartree-Fock Method on Intel® Xeon Phi Processors (Устный)
- Авторы: Michael D'Mello, Vladimir Mironov, Yuri Alexeev, Alexander Moskovsky
- IXPUG 2016 Annual US Meeting (IXPUG2016), Argonne, IL, United States, 19-22 сентября 2016
-
- 2016 High Temperature Coolant Demonstrated for a Computational Cluster (Устный)
- Авторы: Egor Druzhinin, Alexey Shmelev, Alexander Moskovsky, Yuri Migal, Vladimir Mironov, Andrey Semin
- International Workshop on Optimization of Energy Efficient HPC & Distributed Systems (OPTIM 2016), Innsbruck, Austria, 18-22 июля 2016
-
- 2016 Optimization of electron repulsion integral calculations in the quantum chemistry package GAMESS (Стендовый)
- Авторы: Vladimir Mironov, Alexander Moskovsky
- ISC High Performance, Франкфурт на Майне , Germany, 19-23 июня 2016
-
- 2016 Parallelization and optimization of Hartree-Fock method in GAMESS-US quantum chemistry code (Устный)
- Авторы: Vladimir Mironov, Alexander Moskovsky
- IXPUG/EMEA Conference 2016, Ostrava, Czech Republic, 14-18 марта 2016
-
- 2016 Механизм реакции гидролиза гуанозинтрифосфата в белковом комплексе Arl3-RP2 по результатам молекулярного моделирования (Устный)
- Авторы: Коц Е.Д., Миронов В.А., Григоренко Б.Л., Хренова М.Г.
- МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. МКО-2016, Дубна, Russia, 25-30 января 2016
-
- 2015 GTP hydrolysis by Ras-GAP enzymatic complex: a theoretical study (Стендовый)
- Авторы: Leonora Lychko, Nikolay Anuchin, Vladimir Mironov, Alexander Nemukhin
- 51st Symposium on Theoretical Chemistry, Potsdam, Germany, 20-24 сентября 2015
-
- 2015 Молекулярно-динамическое исследование гидролиза гуанозинтрифосфата (ГТФ) белковым комплексом Ras-GAP (Устный)
- Авторы: Миронов В.А., Лычко Л.А., Немухин А.В.
- XXVII Симпозиум "Современная химическая физика", Туапсе, Russia, 20 сентября - 1 октября 2015
-
- 2015 Моделирование реакции гидролиза гуанозинтрифосфата в белковом комплексе Arl3-RP2 (Устный)
- Авторы: Хренова М.Г., Кулакова А.М., Миронов В.А.
- XXVII Симпозиум "Современная химическая физика", Туапсе, Russia, 20 сентября - 1 октября 2015
-
- 2015 Adaptation of the Hartree-Fock method in GAMESS (US) to Intel Xeon Phi architecture (Устный)
- Авторы: Mironov Vladimir A., Moskovsky Alexander A.
- International Conference on Computer Simulation in Physics and beyond (CSP 2015), Moscow, Russia, 6-10 сентября 2015
-
- 2015 On Quantum Chemistry Code Adaptation for RSC PetaStream Architecture (Устный)
- Авторы: Mironov Vladimir, Khrenova Maria, Moskovsky Alexander
- ISC High Performance, Франкфурт, Germany, 12-16 июля 2015
-
- 2015 Modeling GTP hydrolysis in Ras-GAP (Устный)
- Авторы: Khrenova Maria, Mironov Vladimir, Nemukhin Alexander
- International Conference "Biocatalysis-2015: Fundamentals and Applications", Moscow region, Avantel Club Istra, Moscow region, Avantel Club Istra, Russia, 21-26 июня 2015
-
- 2015 Computational study of the GTP hydrolysis by the Ras-GAP protein complex (Стендовый)
- Авторы: Khrenova M.G., Lychko L.A., Mironov V.A., Nemukhin A.V.
- The 15th International Congress of Quantum Chemistry, Пекин, China, 8-13 июня 2015
-
- 2014 Modeling of Chemical Transformations in GTPase Active Sites upon GTP Hydrolysis (Устный)
- Авторы: Maria Khrenova, Alexander Nemukhin, Vladimir Mironov, Leonora Lychko
- GTPases: Mechanisms, Interactions and Applications, Suzhou, China, China, 2014
-
- 2014 Simulations of Proton Transfer Routes in Proteins of the Green Fluorescent Protein Family (Не указан)
- Авторы: Alexander Nemukhin, Bella Grigorenko, Vladimir Mironov
- 248th American Chemical Society National Meeting & Exposition, San Francisco, CA, USA, United States, 2014
-
- 2014 The Performance Characterization of the RSC PetaStream Module (Устный)
- Авторы: Druzhinin Egor, Semin Andrey, Moskovsky Alexander, Shmelev Alexey, Mironov Vladimir
- The International Supercomputing Conference: High Performance 2014, Leipzig, Germany, 22-26 июня 2014
-
- 2013 Photocycle of the photoswitchable fluorescent protein asCP (Стендовый)
- Авторы: Миронов В.А., Боченкова А.В., Хренова М.Г., Немухин А.В.
- 11th EUROPEAN CONFERENCE ON ATOMS, MOLECULES AND PHOTONS (ECAMP11), Aarhus, Denmark, Denmark, 2013
-
- 2013 Photoswitching of the kindiling fluorescent protein: a theoretical study (Стендовый)
- Авторы: Mironov Vladimir A., Bochenkova Anastasia V., Khrenova Maria G., Nemukhin Alexander V.
- VIII Congress of International Society of Theoretical Chemical Physics , Budapest, Hungary, Hungary, 2013
-
- 2011 Non-covalent interactions influence on asCP chromophore absorption spectra (Стендовый)
- Авторы: Миронов В.А., Немухин А.В., Боченкова А.В.
- XIX Conference on Horizons in Hydrogen Bond Research, Göttingen, Germany, Germany, 2011
-
- 2011 Photophysical properties of the kindling fluorescent protein (Стендовый)
- Авторы: Боченкова А.В., Немухин А.В., Миронов В.А.
- Ninth Triennial Congress of the WORLD ASSOCIATION OF THEORETICAL AND COMPUTATIONAL CHEMISTS WATOC 2011, Santiago de Compostela, Spain, Spain, 2011
-
- 2010 Theoretical study of the GFP chromophore biosynthesis (Стендовый)
- Авторы: Немухин А.В., Миронов В.А., Боченкова А.В.
- 8th European Conference on Computational Chemistry, Lund, Sweden, Sweden, 25-28 августа 2010
-
- 2010 Изучение механизма биосинтеза хромофора зеленого флуоресцентного белка (Стендовый)
- Авторы: Миронов В.А., Боченкова А.В., Немухин А.В.
- XXII Симпозиум "Современная химическая физика", Туапсе, Россия, Russia, 24 сентября - 5 октября 2010
НИР и НИОКР
-
- 1 января 2021 - 31 декабря 2027 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
- Кафедра физической химии
- Руководители: Курамшина Г.М., Немухин А.В. Ответственные исполнители: Безруков Д.С., Хренова М.Г. Участники НИР: Корнейчук А.Я., Глебов И.О., Давыдова И.Б., Родин В.А., Сызганцева О.А., Курамшина Г.М., Годунов И.А., Миронов В.А., Богдашин В.А., Уркунова Т.А., Емельянова М.А., Марина В.И., Поляков И.В., Клещина Н.Н., Кочергина И.Ю., Мулашкина Т.И., Кабылда А.М., Осин С.Б., Максимов С.В., Щербинин А.В., Сенявин В.М., Головкин А.В., Краснощеков С.В., Волынкина И.А., Пазюк Е.А., Московский А.А., Исаева Е.В., Кузьменко Н.Е., Метелешко Ю.И., Боченкова А.В., Бохан Д.А., Терашкевич В.А., Финенко А.А., Петров С.В., Духовских Е.А., Никитина Н.А., Белега Е.Д., Королева Л.А., Хрустов В.Ф., Шепелев Н.М., Лазарев А.В., Степанов Н.Ф., Трубников Д.Н., Хохлов Д.В., Козлов С.В., Зареченская А.С., Капуста Д.П., Устынюк Л.Ю., Ермилов А.Ю., Шляпина В.Л., Татаренко К.А., Ларин А.В., Козлов М.И., Исаев Т.А., Хренова М.Г., Занина А.А., Бойченко А.Н., Рыбаков А.А., Белов А.С., Кулакова А.М., Андронова Т.А., Абраменков А.В., Руденко А.Ю., Батаев В.А., Домрачева Т.М., Маслов Д.В., Голосная М.Н., Пичугина Д.А., Яковлев Н.Н., Чистиков Д.Н., Григоренко Б.Л., Бедняков А.С., Рыжова О.Н., Поддубный В.В., Еремин В.В., Князева М.А.
-
- 1 января 2020 - 31 декабря 2021 Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
- НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
- Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Кулакова А.М., Домрачева Т.М., Капуста Д.П., Захарова Т.М., Метелешко Ю.И., Поляков И.В., Миронов В.А., Мулашкин Ф.Д.
-
- 1 марта 2019 - 30 декабря 2022 Суперкомпьютерное моделирование биомолекулярных систем на основе квантово-химических и молекулярно-динамических методов: от ферментативного катализа до оптогенетики
- ИБХФ РАН
- Руководитель: Немухин А.В. Ответственные исполнители: Коц Е.Д., Лущекина С.В., Московский А.А. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Лычко Л.А., Миронов В.А., Поляков И.В.
-
- 1 декабря 2017 - 30 ноября 2018 Модернизация пакета квантовой химии GAMESS для проведения высокопараллельных расчетов
- НИЛ химической кибернетики
- Руководитель: Миронов В.А. Ответственный исполнитель: Московский А.А. Участники НИР: Поляков И.В., Хренова М.Г., Немухин А.В.
-
- 16 апреля 2017 - 28 декабря 2018 Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
- ИБХФ РАН
- Руководитель: Немухин А.В. Ответственный исполнитель: Московский А.А. Участники НИР: Кулакова А.М., Миронов В.А., Лычко Л.А., Коц Е.Д., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Хренова М.Г.
-
- 1 января 2017 - 31 декабря 2019 Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Кулакова А.М., Капуста Д.П., Коц Е.Д., Метелешко Ю.И., Поляков И.В., Миронов В.А., Лычко Л.А.
-
- 28 ноября 2016 - 15 ноября 2017 Модернизация пакета квантовой химии GAMESS для проведения высокопараллельных расчетов
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Миронов В.А. Ответственный исполнитель: Московский А.А. Участники НИР: Поляков И.В., Хренова М.Г., Немухин А.В.
-
- 1 января 2016 - 31 декабря 2020 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
- Кафедра физической химии
- Руководители: Степанов Н.Ф., Немухин А.В. Ответственный исполнитель: Безруков Д.С. Участники НИР: Засурская Л.А., Глебов И.О., Давыдова И.Б., Майорова А.Ф., Баум Е.А., Колесникова И.Н., Немухин А.В., Рыков А.Н., Поляков И.В., Вилкова А.Л., Лысенко К.А., Ланшина Л.В., Новаковская Ю.В., Пазюк Е.А., Шишков И.Ф., Боченкова А.В., Бохан Д.А., Королева Л.А., Макухин Н.Н., Филимонова М.А., Безруков Д.С., Ермилов А.Ю., Гринева О.В., Львова Е.Ю., Годунов И.А., Грикина О.Е., Осин С.Б., Щербинин А.В., Степанова А.В., Московский А.А., Богдан Т.В., Иванов А.А., Захарова Т.М., Ковтун Д.М., Татаренко К.А., Хренова М.Г., Моисеева Н.Ф., Бучаченко А.А., Тукачев Н.В., Пичугина Д.А., Митин А.В., Григоренко Б.Л., Бедняков А.С., Панченко Ю.Н., Абрамович А.И., Словохотов Ю.Л., Альтова Е.П., Клещина Н.Н., Банару А.М., Дорофеева О.В., Агеев Г.Г., Алексеев Е.С., Петров С.В., Хрустов В.Ф., Степанов Н.Ф., Пупышев В.И., Хайкин Л.С., Рыбаков А.А., Кулакова А.М., Дмитриенко А.О., Яковлев Н.Н., Терентьев Р.В., Кузьменко Н.Е., Рыжова О.Н., Еремин В.В., Адамсон С.О., Шергольд И.А., Курамшина Г.М., Марочкин И.И., Богатова Т.В., Сенявин В.М., Головкин А.В., Краснощеков С.В., Коц Е.Д., Белова М.В., Исаева Е.В., Прибытков А.В., Белега Е.Д., Лазарев А.В., Трубников Д.Н., Капуста Д.П., Устынюк Л.Ю., Ларин А.В., Христенко Л.В., Чемлева Т.А., Абраменков А.В., Тихонов Д.С., Батаев В.А., Крамаренко С.С., Миронов В.А., Поддубный В.В., Белов А.С., Князева М.А.
-
- 1 января 2016 - 31 декабря 2018 Молекулярное моделирование механизмов химических реакций в цинк-зависимых ферментах
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Григоренко Б.Л. Участники НИР: Кулакова А.М., Капуста Д.П., Миронов В.А., Лычко Л.А., Хренова М.Г., Князева М.А.
-
- 1 августа 2015 - 31 июля 2016 Разработка оптимизированной для архитектуры Intel MIC версии программного пакета GAMESS (US)
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Миронов В.А. Участники НИР: Хренова М.Г., Немухин А.В., Московский А.А.
-
- 12 мая 2015 - 31 декабря 2016 Квантово-химическое моделирование таутомерных превращений аминокислотных остатков с карбоксамидной функциональной группой - аспарагина и глютамина
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Кулакова А.М., Миронов В.А., Коц Е.Д., Поляков И.В., Григоренко Б.Л.
-
- 1 июля 2014 - 1 июля 2015 Разработка оптимизированной для архитектуры Intel MIC версии программного пакета GAMESS (US)
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Миронов В.А. Участники НИР: Московский А.А., Хренова М.Г., Немухин А.В.
-
- 31 января 2014 - 31 декабря 2016 Сверхбыстрая неадиабатическая динамика биологических хромофоров
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Боченкова А.В. Участники НИР: Грановский А.А., Поляков И.В., Миронов В.А., Лычко Л.А., Хренова М.Г.
-
- 1 января 2014 - 31 декабря 2016 Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
- ИБХФ РАН
- Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Новичкова Д.А., Кулакова А.М., Миронов В.А., Лычко Л.А., Коц Е.Д., Московский А.А., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Хренова М.Г.
-
- 1 января 2014 - 31 декабря 2015 Новые биофизические и структурные аспекты молекулярных процессов в фотосинтетических центрах
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Новичкова Д.А., Миронов В.А., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Хренова М.Г.
-
- 1 января 2014 - 31 декабря 2015 Развитие и применение компьютерных методов расчета поверхностей свободной энергии для химических реакций в белках на основе молекулярно-динамических подходов с квантовыми силами
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Миронов В.А. Участники НИР: Губайдуллина А.М., Новичкова Д.А., Кулакова А.М.
-
- 1 января 2013 - 31 декабря 2015 Моделирование химических реакций в цветных белках методами квантовой теории
- ИБХФ РАН
- Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Миронов В.А., Московский А.А.
-
- 1 января 2011 - 31 декабря 2013 Моделирование механизмов формирования флуоресцентных белков и первичных фотохимических процессов в функционировании биологических хромофоров
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Боченкова А.В. Участники НИР: Новичкова Д.А., Андрийченко Н.Н., Миронов В.А., Хренова М.Г., Грановский А.А.
-
- 1 января 2011 - 31 декабря 2015 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Степанов Н.Ф. Участники НИР: Майорова А.Ф., Глебов И.О., Давыдова И.Б., Засурская Л.А., Баум Е.А., Колесникова И.Н., Немухин А.В., Рыков А.Н., Вилкова А.Л., Ланшина Л.В., Новаковская Ю.В., Макухин Н.Н., Пазюк Е.А., Шишков И.Ф., Боченкова А.В., Бохан Д.А., Королева Л.А., Макухин Н.Н., Филимонова М.А., Безруков Д.С., Ермилов А.Ю., Гринева О.В., Львова Е.Ю., Годунов И.А., Грикина О.Е., Осин С.Б., Щербинин А.В., Степанова А.В., Московский А.А., Богдан Т.В., Иванов А.А., Ковтун Д.М., Татаренко К.А., Хренова М.Г., Моисеева Н.Ф., Бучаченко А.А., Тукачев Н.В., Пичугина Д.А., Митин А.В., Григоренко Б.Л., Панченко Ю.Н., Абрамович А.И., Словохотов Ю.Л., Альтова Е.П., Банару А.М., Дорофеева О.В., Алексеев Е.С., Петров С.В., Хрустов В.Ф., Пупышев В.И., Хайкин Л.С., Аксенов С.М., Рыбаков А.А., Воронцов А.В., Яковлев Н.Н., Терентьев Р.В., Кузьменко Н.Е., Рыжова О.Н., Еремин В.В., Адамсон С.О., Курамшина Г.М., Шергольд И.А., Марочкин И.И., Богатова Т.В., Сенявин В.М., Головкин А.В., Краснощеков С.В., Карасев Н.М., Коц Е.Д., Белова М.В., Исаева Е.В., Прибытков А.В., Белега Е.Д., Лазарев А.В., Трубников Д.Н., Ларин А.В., Христенко Л.В., Чемлева Т.А., Абраменков А.В., Батаев В.А., Серебренников Л.В., Крамаренко С.С., Миронов В.А., Белов А.С., Князева М.А.
-
- 1 января 2010 - 31 декабря 2011 Механизмы и динамика первичных процессов релаксации в функционировании биологических фоторецепторов и флуоресцентных белков
- Кафедра физической химии
- Руководитель: Боченкова А.В. Участники НИР: Миронов В.А., Хренова М.Г.
Награды и премии
-
- 2018 Overall best paper award on IEEE Cluster 2018 conference
- Лауреаты: Gok A.M., Di S., Alexeev Y., Tao D., Mironov V., Liang X., Cappello F.
- Queen's University Belfast, Великобритания
-
- 2016 Победитель конкурса проектов пользователей СКЦ МГУ 2016 г
- Лауреаты: Хренова М.Г., Миронов В.А.
- МГУ, Россия
Членство в научных обществах
-
- с 2017 Associaton for Computing Machinery (ACM)
- США
Диссертации
-
- 2013 Моделирование структуры и спектров красных флуоресцентных белков методами квантовой химии и молекулярной динамики
- Кандидатская диссертация по специальности 02.00.17 - Математическая и квантовая химия (физ.-мат. науки)
- Автор: Миронов Владимир Андреевич, к.ф.-м.н.
- Научный руководитель: Немухин А.В., д.х.н., проф.
- Защищена в совете Д 501.001.50 при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
- Организация, в которой выполнялась работа: МГУ имени М.В. Ломоносова
Руководство дипломными работами
-
- 2019 Расчет электростатического потенциала полипептидов методом молекулярных орбиталей фрагментов
- Научный руководитель: Миронов В.А.
- Автор: Брехов А.Т., (Специалист)
-
- 2014 Моделирование механизма реакции гидролиза гуанозинтрифосфата в активном центре Ras-GAP
- Научный руководитель: Миронов В.А.
- Автор: Лычко Л.А., (Специалист)
Выступления в СМИ
-
- 15 марта 2022 г. Российский суперкомпьютер ускорил разработку «цифровых лекарств» от COVID-19 (РСК)
- Автор (участник): Миронов Владимир Андреевич
-
- 27 ноября 2019 г. SC19: исследование эффективности Intel Optane DCPMM и IMDT в научных расчётах (ServerNews)
- Авторы (участники): Алексей Степин, Миронов Владимир Андреевич, Chernykh Igor
-
- 27 июня 2016 г. Modern Quantum Chemistry Research Possible Because of Supercomputers, HPC Software (Scientific computing)
- Автор (участник): Linda Barney, Миронов Владимир Андреевич